60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1890 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  100 
 
 		 226 aa  473  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  50.44 
 
 		 219 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  49.56 
 
 		 219 aa  232  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  34.89 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.08 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.48 
 
 		 223 aa  135  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  33.04 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.11 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.82 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.3 
 
 		 235 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  29.17 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.02 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.2 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.48 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.89 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  31.08 
 
 		 230 aa  121  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.59 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.24 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.24 
 
 		 243 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.04 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.85 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  29.73 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  32.6 
 
 		 224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  28.64 
 
 		 213 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.05 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.18 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.15 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.28 
 
 		 212 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  30.8 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.82 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.23 
 
 		 214 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  27.68 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.73 
 
 		 214 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.8 
 
 		 235 aa  88.2  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  29.58 
 
 		 213 aa  88.2  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.93 
 
 		 212 aa  86.3  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  27.75 
 
 		 220 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.48 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.48 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  26.58 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.42 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  25.68 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.44 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.48 
 
 		 222 aa  48.5  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.48 
 
 		 244 aa  48.5  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.95 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.21 
 
 		 125 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.29 
 
 		 222 aa  45.4  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  31.25 
 
 		 218 aa  45.1  0.0009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.85 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.53 
 
 		 117 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  40 
 
 		 114 aa  43.5  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.98 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  30.23 
 
 		 210 aa  42  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.03 
 
 		 234 aa  42  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  30 
 
 		 220 aa  42  0.008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  32.98 
 
 		 214 aa  42  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>