More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2741 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
152 aa  301  2.0000000000000002e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  59.49 
 
 
164 aa  164  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38 
 
 
146 aa  100  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  36 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0353  putative cold-shock DNA-binding domain protein  37.25 
 
 
156 aa  84  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.361723  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  34.67 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.67 
 
 
138 aa  77.8  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  47.69 
 
 
72 aa  66.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
418 aa  65.5  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
89 aa  63.9  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
63 aa  63.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
84 aa  62.8  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  45.21 
 
 
310 aa  60.8  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  43.84 
 
 
127 aa  60.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
63 aa  60.1  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  48.44 
 
 
66 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
66 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
68 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  45.21 
 
 
127 aa  60.1  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  38.55 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  45.07 
 
 
127 aa  58.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.88 
 
 
127 aa  59.3  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
63 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  47.69 
 
 
70 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 
76 aa  59.3  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2058  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 
68 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0186622  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  43.94 
 
 
70 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  43.08 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
63 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
63 aa  58.5  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  45.07 
 
 
127 aa  58.9  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 
63 aa  58.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  45.78 
 
 
311 aa  58.2  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
70 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  46.88 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
68 aa  58.2  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2587  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.138  normal  0.042071 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2534  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
68 aa  58.2  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.629108  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.83 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  41.79 
 
 
77 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2467  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1877  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131631  hitchhiker  0.0000956681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2474  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00220065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  43.75 
 
 
77 aa  57.4  0.00000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
66 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
68 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
70 aa  57  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  37.36 
 
 
132 aa  57  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  46.15 
 
 
70 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.86 
 
 
89 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  45.31 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
68 aa  56.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0238191  normal  0.0590257 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
70 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
70 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1884  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
68 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.104557  hitchhiker  0.000000642748 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  46.15 
 
 
70 aa  57  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1672  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.26 
 
 
73 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.77 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000103728 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0934  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
84 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.679655  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
69 aa  56.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  38.46 
 
 
63 aa  55.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 
68 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
66 aa  55.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.73 
 
 
132 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  43.28 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  42.42 
 
 
63 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
68 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  43.94 
 
 
68 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32237  predicted protein  43.04 
 
 
106 aa  55.8  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.18416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>