103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2636 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2636  rubisco activation protein cbbO  100 
 
 
773 aa  1590    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0422  von Willebrand factor, type A  50.2 
 
 
757 aa  795    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1976  von Willebrand factor, type A  59.53 
 
 
766 aa  891    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3765  von Willebrand factor type A  56.99 
 
 
749 aa  838    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262699 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1816  von Willebrand factor type A  70.72 
 
 
759 aa  1099    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.627203  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2157  von Willebrand factor type A domain protein  70.72 
 
 
759 aa  1099    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1092  von Willebrand factor type A  76.62 
 
 
756 aa  1237    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1975  nitric oxide reductase activation protein  35.27 
 
 
786 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1043  von Willebrand factor, type A  35.95 
 
 
781 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2754  cbbO protein  36.26 
 
 
778 aa  436  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.471735  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2839  von Willebrand factor, type A  36.51 
 
 
793 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4345  von Willebrand factor, type A  34.32 
 
 
802 aa  432  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.961605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1375  von Willebrand factor type A  33.91 
 
 
783 aa  426  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1677  von Willebrand factor type A domain protein  33.91 
 
 
783 aa  426  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2621  rubisco activation protein CbbO  34.84 
 
 
785 aa  413  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.808278 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2663  von Willebrand factor type A  35.22 
 
 
772 aa  415  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3054  von Willebrand factor type A domain protein  35.22 
 
 
772 aa  415  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0430  von Willebrand factor, type A  30.82 
 
 
777 aa  412  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.898642  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1546  von Willebrand factor, type A  34.77 
 
 
773 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1498  von Willebrand factor, type A  34.97 
 
 
785 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0704487  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3189  von Willebrand factor type A  35.01 
 
 
773 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0910  von Willebrand factor type A  35.98 
 
 
788 aa  389  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0132  von Willebrand factor type A  34.36 
 
 
781 aa  373  1e-102  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0872  von Willebrand factor type A  35.54 
 
 
773 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.743934  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4066  hypothetical protein  35.04 
 
 
743 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.247761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1965  hypothetical protein  32.77 
 
 
769 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0652  von Willebrand factor type A  37.97 
 
 
852 aa  206  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.380422  normal  0.150472 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1588  von Willebrand factor type A  33.12 
 
 
610 aa  204  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778947  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2163  von Willebrand factor type A  36.51 
 
 
842 aa  200  9e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2535  von Willebrand factor type A domain protein  36.15 
 
 
805 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2163  von Willebrand factor type A  36.15 
 
 
831 aa  187  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000626389 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1644  von Willebrand factor type A  33.43 
 
 
636 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0555  putative nitric oxide reductase activation protein  35.35 
 
 
614 aa  181  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3117  von Willebrand factor, type A  32.7 
 
 
607 aa  179  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3639  von Willebrand factor type A  31.08 
 
 
578 aa  174  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0411957  normal  0.0746298 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6286  von Willebrand factor type A  35.1 
 
 
631 aa  174  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.735218  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4389  von Willebrand factor type A  34.45 
 
 
633 aa  174  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2091  NorD protein required for nitric oxide reductase (Nor) activity  33.94 
 
 
637 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0227  norD protein  34.8 
 
 
633 aa  171  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.902062  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2324  von Willebrand factor type A domain-containing protein  33.56 
 
 
618 aa  171  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.28516  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0251  norD protein  34.46 
 
 
633 aa  169  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4903  von Willebrand factor, type A  31.47 
 
 
517 aa  167  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3118  von Willebrand factor type A  31.05 
 
 
605 aa  164  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2683  von Willebrand factor type A  34.74 
 
 
913 aa  163  9e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3433  von Willebrand factor, type A  33.91 
 
 
689 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2765  von Willebrand factor type A  33.56 
 
 
689 aa  159  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.380735  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3186  nitric oxide reductase D protein  34.46 
 
 
644 aa  159  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2120  von Willebrand factor, type A  33.22 
 
 
647 aa  158  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.876346 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3133  von Willebrand factor type A  27.95 
 
 
1006 aa  157  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0868  nitric oxide reductase activation protein  33.67 
 
 
705 aa  156  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0973  von Willebrand factor, type A  35.12 
 
 
624 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2605  von Willebrand factor type A  32.89 
 
 
637 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1518  von Willebrand factor type A  33.9 
 
 
650 aa  154  8e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1847  nitric oxide reductase activation protein  34.01 
 
 
645 aa  153  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1253  von Willebrand factor, type A  33.67 
 
 
677 aa  151  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0825  nitric oxide reductase activase protein  34.3 
 
 
674 aa  149  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.451529  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3197  von Willebrand factor, type A  35.23 
 
 
612 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0321  NorD nitric oxide reductase activation protein  34.67 
 
 
624 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1966  von Willebrand factor, type A  34.33 
 
 
624 aa  144  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06840  putative dinitrification protein NorD  33.1 
 
 
612 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1465  von Willebrand factor type A  35 
 
 
618 aa  138  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.421906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0626  putative dinitrification protein NorD  32.76 
 
 
612 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.566432  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2481  von Willebrand factor, type A  30.42 
 
 
638 aa  134  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1979  von Willebrand factor, type A  30.99 
 
 
647 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0602  von Willebrand factor type A  31.14 
 
 
532 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0536117 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4197  von Willebrand factor, type A  31.19 
 
 
570 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51911  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2457  von Willebrand factor, type A  30.77 
 
 
576 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.867723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3727  von Willebrand factor, type A  26.53 
 
 
570 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0342794  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3800  von Willebrand factor, type A  26.53 
 
 
570 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00674568 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3739  von Willebrand factor, type A  26.79 
 
 
570 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3616  von Willebrand factor type A domain-containing protein  30.1 
 
 
562 aa  112  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360736  normal  0.0799995 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4156  von Willebrand factor, type A  27.44 
 
 
564 aa  108  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149181  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1845  nitric oxide reductase activation protein-like  27.96 
 
 
519 aa  108  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.296375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1773  von Willebrand factor, type A  30.2 
 
 
510 aa  106  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4417  MorD  29.59 
 
 
510 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4504  MorD  29.59 
 
 
510 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4798  MorD  29.59 
 
 
510 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.653276  normal  0.637418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4974  MorD  29.41 
 
 
510 aa  95.1  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.228255  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2575  von Willebrand factor, type A  28.14 
 
 
571 aa  92.4  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.319004  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2537  von Willebrand factor, type A  27.76 
 
 
571 aa  89.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0698478  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2582  von Willebrand factor, type A  27.76 
 
 
571 aa  89.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0117  putative nitric oxide reductase activation protein  27.01 
 
 
552 aa  61.2  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5495  von Willebrand factor, type A  27.17 
 
 
628 aa  56.2  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000340066  normal  0.614355 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1300  putative cobalamin biosynthesis protein cobT  24.16 
 
 
584 aa  56.6  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00926856  normal  0.404271 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5309  von Willebrand factor type A  24.16 
 
 
582 aa  54.3  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1634  von Willebrand factor type A  23.12 
 
 
638 aa  53.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233072  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0660  hypothetical protein  24.35 
 
 
627 aa  49.3  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4677  hypothetical protein  24.35 
 
 
627 aa  48.9  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.1809899999999999e-20 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0692  hypothetical protein  24.35 
 
 
627 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0590  hypothetical protein  24.35 
 
 
626 aa  48.5  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0534  von Willebrand factor type A domain-containing protein  24.35 
 
 
626 aa  48.5  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0534  hypothetical protein  24.35 
 
 
626 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0623  hypothetical protein  24.35 
 
 
626 aa  48.5  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0537  von Willebrand factor type A  24.35 
 
 
627 aa  48.9  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0678  hypothetical protein  24.35 
 
 
626 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000398257 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7220  putative cobalamin biosynthesis protein, CobT  26.52 
 
 
567 aa  47.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.557339  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4733  von Willebrand factor type A  23.86 
 
 
696 aa  47  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345063  normal  0.296861 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1516  von Willebrand factor type A  29.14 
 
 
520 aa  46.6  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00796283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2540  von Willebrand factor type A  22.22 
 
 
634 aa  47  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0752  hypothetical protein  23.83 
 
 
627 aa  45.4  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>