118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2812 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2812  cytochrome c1  100 
 
 		 263 aa  543  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3276  cytochrome c1  64.64 
 
 		 264 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2307  cytochrome c1  64.26 
 
 		 450 aa  324  8.000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  decreased coverage  0.0079978 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2801  cytochrome c1  57.89 
 
 		 286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.824407  normal  0.36289 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1394  cytochrome c1 precursor  60.85 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0061  cytochrome c1  60.85 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.197339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0327  cytochrome c1  57.47 
 
 		 269 aa  295  7e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3799  cytochrome c1  42.51 
 
 		 297 aa  175  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  41.77 
 
 		 281 aa  165  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2244  cytochrome c1  38.43 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400916  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  40.32 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  38.49 
 
 		 689 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3203  cytochrome c1  40.73 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  39.52 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  38.95 
 
 		 689 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2767  cytochrome c1  39.29 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  40.25 
 
 		 285 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.221677 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  39.34 
 
 		 687 aa  153  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  39.15 
 
 		 690 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2544  cytochrome c1  39.62 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  36.52 
 
 		 688 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1490  putative ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  40 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.531378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1541  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1, putative  40 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3040  cytochrome c1  40.91 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0510  cytochrome c1  37.29 
 
 		 251 aa  149  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1625  cytochrome c1  39.6 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0465  cytochrome c1  40.4 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  38.14 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0703  cytochrome c1  37.5 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  38.93 
 
 		 688 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2776  cytochrome c1  41.15 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  37.3 
 
 		 688 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  34.42 
 
 		 269 aa  142  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0738  cytochrome c1  36.8 
 
 		 269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0973071 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  33.9 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1539  cytochrome c1  37.59 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_002978  WD1070  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  33.21 
 
 		 252 aa  138  8.999999999999999e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1394  cytochrome c1  33.7 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0626  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  34.09 
 
 		 256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.415478  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0676  cytochrome c1  37.4 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.140638  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2472  cytochrome c1  38.56 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.546369  normal  0.0330424 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00357  Ubiquinol-cytochrome c reductase (Eurofung)  35.19 
 
 		 316 aa  122  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00630  electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex, putative  33.58 
 
 		 320 aa  118  7.999999999999999e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0899568  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26515  predicted protein  32.94 
 
 		 272 aa  118  9e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  31.67 
 
 		 277 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86147  cytochrome c1  32.46 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28125  predicted protein  33.47 
 
 		 251 aa  109  6e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.138363  normal  0.0229296 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0277  cytochrome c1  33.19 
 
 		 253 aa  93.2  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2946  cytochrome c1  34.63 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  25.27 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  24.61 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  25.93 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  25.84 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  23.26 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  25.27 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  23.92 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  24.71 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0993  cytochrome c1  25.75 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.697791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  24.23 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  22.61 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1202  cytochrome c1  26.9 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  23.11 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  23.08 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  24.44 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  22.57 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  22.57 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0823  cytochrome c1  25.51 
 
 		 255 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.862192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  23.26 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  23.26 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  23.94 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  23.64 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0715  cytochrome c1  25.27 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  22.57 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0127  cytochrome c1  20.68 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0525293  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  25.11 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  22.87 
 
 		 232 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  24.91 
 
 		 251 aa  53.1  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0137  cytochrome c1  21.65 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.148946 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  22.87 
 
 		 232 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  22.87 
 
 		 232 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2857  cytochrome c1  27.51 
 
 		 247 aa  52.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.453799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  23.66 
 
 		 747 aa  52  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3204  cytochrome c1  26.57 
 
 		 247 aa  52  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.831263 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  24.72 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  23.29 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  25 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  23.87 
 
 		 255 aa  49.3  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1960  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  23.02 
 
 		 240 aa  49.3  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  25.09 
 
 		 248 aa  49.3  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  23.6 
 
 		 251 aa  49.3  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13080  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  25.36 
 
 		 259 aa  48.9  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  23.6 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2660  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome C1  23.35 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0667489  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0794  cytochrome c1  24.25 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0108816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2872  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  24.51 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2731  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  22.43 
 
 		 233 aa  47.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0309003  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2353  cytochrome c1  22.43 
 
 		 233 aa  47.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.922589  hitchhiker  0.000000000801731 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2758  hypothetical protein  21.97 
 
 		 248 aa  46.6  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  25.8 
 
 		 259 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3648  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  24.2 
 
 		 252 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>