146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2927 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  100 
 
 
248 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3204  cytochrome c1  89.52 
 
 
247 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.831263 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2857  cytochrome c1  89.52 
 
 
247 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.453799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3228  cytochrome c1  71.49 
 
 
247 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  71.49 
 
 
247 aa  358  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3541  cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  352  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2664  cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.756907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0443  cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0422  cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674989  hitchhiker  0.0000052369 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0346  cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  349  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
259 aa  347  9e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2696  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3673  cytochrome c1 precursor  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.276349  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3258  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3648  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3705  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2746  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  65.08 
 
 
252 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2975  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.674351  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2741  cytochrome c1  63.1 
 
 
251 aa  342  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0416  putative cytochrome C1 transmembrane protein  63.1 
 
 
251 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3542  cytochrome c1  63.49 
 
 
251 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608845  normal  0.0250819 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0370  cytochrome c1  64.68 
 
 
252 aa  341  7e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0361  cytochrome c1  64.29 
 
 
252 aa  339  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278917  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  62.71 
 
 
255 aa  316  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  58.04 
 
 
251 aa  311  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0127  cytochrome c1  60.49 
 
 
257 aa  310  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0525293  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  58.43 
 
 
251 aa  307  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  59.83 
 
 
257 aa  305  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  62.39 
 
 
251 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  61.95 
 
 
251 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0137  cytochrome c1  59.5 
 
 
257 aa  303  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.148946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0715  cytochrome c1  57.36 
 
 
251 aa  301  8.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  58.85 
 
 
253 aa  289  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0932  cytochrome c1  58.85 
 
 
260 aa  287  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  56.72 
 
 
241 aa  284  9e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1202  cytochrome c1  56.97 
 
 
257 aa  279  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0823  cytochrome c1  58.02 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.862192  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1003  cytochrome c1  52.23 
 
 
245 aa  263  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0835319  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  53.71 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  49.41 
 
 
239 aa  251  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  46.67 
 
 
250 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2872  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  48.8 
 
 
243 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  47.98 
 
 
244 aa  225  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  46.52 
 
 
240 aa  221  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4530  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.85 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.490677  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4405  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.85 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1319  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.46 
 
 
259 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.708858  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  44.9 
 
 
249 aa  214  8e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2660  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome C1  46.03 
 
 
245 aa  214  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0667489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13080  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.85 
 
 
259 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  45.14 
 
 
247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0926  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.08 
 
 
259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0107  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  44.4 
 
 
245 aa  211  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00110393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0905  cytochrome c1-like protein  41.92 
 
 
259 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.111251  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  45.58 
 
 
747 aa  208  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  44.76 
 
 
232 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  44.76 
 
 
232 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  44.35 
 
 
231 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  44.76 
 
 
232 aa  205  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  45.16 
 
 
231 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  44.35 
 
 
232 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  43.95 
 
 
232 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  43.95 
 
 
232 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  43.55 
 
 
231 aa  202  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  44.76 
 
 
231 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5001  putative cytochrome c1 precursor  41.76 
 
 
260 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0112049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57540  putative cytochrome c1 precursor  41.38 
 
 
260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4690  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  42.21 
 
 
260 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.222111  normal  0.0239811 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2468  cytochrome c1  42.29 
 
 
251 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0366705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00439  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  44.95 
 
 
247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288886  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  43.78 
 
 
233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  42.74 
 
 
244 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00885  ubiquinol-cytochrome c reductase  43.2 
 
 
245 aa  195  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004507  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase cytochrome C1 subunit  42.8 
 
 
245 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000302738  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2758  hypothetical protein  42.52 
 
 
248 aa  192  4e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2631  hypothetical protein  42.52 
 
 
246 aa  191  7e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  43.55 
 
 
232 aa  191  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  41.77 
 
 
233 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1943  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  45.74 
 
 
253 aa  185  7e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.810872  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  42.17 
 
 
233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1878  cytochrome c1  44.84 
 
 
253 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.744991  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  41.77 
 
 
231 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1960  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  40.08 
 
 
240 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4438  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  40.55 
 
 
252 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.581473  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2209  cytochrome c1  40.49 
 
 
244 aa  168  7e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198534  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1140  cytochrome c1  43.03 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0717268  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  35.46 
 
 
242 aa  161  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0794  cytochrome c1  37.87 
 
 
239 aa  155  6e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0108816  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1422  ubiquinol cytochrome c1 reductase  37.45 
 
 
237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00068249  normal  0.213297 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1585  cytochrome c1  37.45 
 
 
237 aa  152  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.881213  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2731  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  37.02 
 
 
233 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0309003  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2353  cytochrome c1  37.02 
 
 
233 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.922589  hitchhiker  0.000000000801731 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3111  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  31.28 
 
 
242 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2709  cytochrome c1  31.28 
 
 
242 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000107976  unclonable  0.0000000000354845 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0993  cytochrome c1  33.2 
 
 
219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.697791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03201  putative ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  44.86 
 
 
107 aa  93.6  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000484188  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.12 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  28.84 
 
 
272 aa  82  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  25.98 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  25.8 
 
 
285 aa  79  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.221677 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>