155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0572 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  100 
 
 		 233 aa  484  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  86.27 
 
 		 233 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  84.12 
 
 		 233 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  81.97 
 
 		 232 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  81.97 
 
 		 232 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  79.59 
 
 		 244 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  81.12 
 
 		 232 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  81.97 
 
 		 231 aa  400  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  80.26 
 
 		 232 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  80.69 
 
 		 232 aa  402  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  80.26 
 
 		 232 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  80.69 
 
 		 231 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  79.83 
 
 		 232 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  80.26 
 
 		 231 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  80.26 
 
 		 231 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  80.26 
 
 		 231 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2660  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome C1  61.79 
 
 		 245 aa  311  5.999999999999999e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0667489  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0107  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  60.57 
 
 		 245 aa  304  7e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00110393  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00885  ubiquinol-cytochrome c reductase  58.13 
 
 		 245 aa  294  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004507  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase cytochrome C1 subunit  58.54 
 
 		 245 aa  294  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000302738  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2872  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  56.5 
 
 		 243 aa  284  8e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  55.28 
 
 		 244 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  54.18 
 
 		 250 aa  271  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4438  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  57.31 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.581473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13080  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  50.57 
 
 		 259 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1319  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  48.28 
 
 		 259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.708858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57540  putative cytochrome c1 precursor  48.66 
 
 		 260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4530  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  48.28 
 
 		 259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.490677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0926  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  48.28 
 
 		 259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5001  putative cytochrome c1 precursor  49.04 
 
 		 260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0112049  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4405  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  47.89 
 
 		 259 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217813 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4690  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  49.04 
 
 		 260 aa  240  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.222111  normal  0.0239811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0905  cytochrome c1-like protein  47.51 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.111251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  47.28 
 
 		 247 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2468  cytochrome c1  47.22 
 
 		 251 aa  223  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0366705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00439  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  52.73 
 
 		 247 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  47.08 
 
 		 241 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  43.98 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  48.37 
 
 		 249 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2758  hypothetical protein  45.42 
 
 		 248 aa  210  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2631  hypothetical protein  45.23 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  46.09 
 
 		 239 aa  204  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3204  cytochrome c1  44.35 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.831263 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  45.33 
 
 		 251 aa  198  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1003  cytochrome c1  45.9 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0835319  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2857  cytochrome c1  43.15 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.453799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  43.78 
 
 		 248 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1140  cytochrome c1  40.41 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0717268  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1960  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  43.15 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1878  cytochrome c1  47.75 
 
 		 253 aa  191  7e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.744991  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1943  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  47.75 
 
 		 253 aa  191  8e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.810872  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  42.02 
 
 		 747 aa  191  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  44.09 
 
 		 247 aa  188  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3228  cytochrome c1  43.25 
 
 		 247 aa  185  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  42.08 
 
 		 242 aa  184  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2975  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.674351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2209  cytochrome c1  41.63 
 
 		 244 aa  178  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198534  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2696  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3673  cytochrome c1 precursor  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.276349  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2664  cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.756907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0443  cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3258  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0422  cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674989  hitchhiker  0.0000052369 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3648  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3705  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2746  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  39.92 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0127  cytochrome c1  39.84 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0525293  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  41.28 
 
 		 257 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3541  cytochrome c1  40.16 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0346  cytochrome c1  39.76 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0794  cytochrome c1  41.91 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0108816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0137  cytochrome c1  39 
 
 		 257 aa  176  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.148946 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2741  cytochrome c1  38.89 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0993  cytochrome c1  43.16 
 
 		 219 aa  174  8e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.697791  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0416  putative cytochrome C1 transmembrane protein  40.08 
 
 		 251 aa  174  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1585  cytochrome c1  43.13 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.881213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0715  cytochrome c1  39.29 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3542  cytochrome c1  39.68 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608845  normal  0.0250819 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0361  cytochrome c1  40.99 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278917  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0370  cytochrome c1  40.99 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1422  ubiquinol cytochrome c1 reductase  41.71 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00068249  normal  0.213297 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  37.7 
 
 		 251 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  38.28 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  42.34 
 
 		 255 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  37.3 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  36.11 
 
 		 251 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  39.91 
 
 		 253 aa  164  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2353  cytochrome c1  41.92 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.922589  hitchhiker  0.000000000801731 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2731  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  41.92 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0309003  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0932  cytochrome c1  41.2 
 
 		 260 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0823  cytochrome c1  39.45 
 
 		 255 aa  151  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.862192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2709  cytochrome c1  36.09 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000107976  unclonable  0.0000000000354845 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3111  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  36.09 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1202  cytochrome c1  36.82 
 
 		 257 aa  138  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03201  putative ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  47.66 
 
 		 107 aa  100  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000484188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  28.34 
 
 		 298 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  28.74 
 
 		 298 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  30.2 
 
 		 281 aa  89.4  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  27.31 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.221677 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>