More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1303 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  74.17 
 
 		 687 aa  1079    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  75.83 
 
 		 688 aa  1085    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  87.66 
 
 		 688 aa  1251    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  92.16 
 
 		 689 aa  1328    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  81.45 
 
 		 690 aa  1185    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  100 
 
 		 689 aa  1412    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  73.37 
 
 		 688 aa  1058    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.71 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.15 
 
 		 424 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  67.73 
 
 		 430 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  67.73 
 
 		 430 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  68.47 
 
 		 428 aa  580  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  70.32 
 
 		 420 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  68.07 
 
 		 430 aa  582  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  70.44 
 
 		 428 aa  580  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  67.73 
 
 		 417 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  66.43 
 
 		 439 aa  570  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  66.27 
 
 		 425 aa  568  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  65.01 
 
 		 422 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  65.13 
 
 		 426 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  65.53 
 
 		 426 aa  561  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  64.41 
 
 		 422 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  63.9 
 
 		 428 aa  555  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  63.68 
 
 		 432 aa  530  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  62.53 
 
 		 428 aa  529  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  61.85 
 
 		 431 aa  525  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  63.2 
 
 		 432 aa  522  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  63.71 
 
 		 405 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  59.76 
 
 		 426 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.41 
 
 		 421 aa  498  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  57.77 
 
 		 429 aa  494  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  57.08 
 
 		 451 aa  488  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  58.4 
 
 		 409 aa  482  1e-135  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.57 
 
 		 440 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  55.95 
 
 		 442 aa  472  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  56.19 
 
 		 449 aa  472  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  59.49 
 
 		 408 aa  467  9.999999999999999e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  56.43 
 
 		 445 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.43 
 
 		 445 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.18 
 
 		 410 aa  467  9.999999999999999e-131  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.48 
 
 		 445 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  59.02 
 
 		 408 aa  463  1e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.93 
 
 		 401 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  51.26 
 
 		 403 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  48.8 
 
 		 426 aa  391  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  47.64 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  49.12 
 
 		 408 aa  387  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  48.58 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  47.68 
 
 		 410 aa  380  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  49.63 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  49.63 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  49.03 
 
 		 459 aa  374  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  48.39 
 
 		 403 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  48.64 
 
 		 403 aa  376  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.25 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.25 
 
 		 404 aa  365  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.5 
 
 		 404 aa  365  1e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  49.75 
 
 		 404 aa  365  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  42.6 
 
 		 466 aa  365  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  45.95 
 
 		 422 aa  363  4e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  32.43 
 
 		 747 aa  363  4e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48 
 
 		 404 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.71 
 
 		 423 aa  362  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  42.02 
 
 		 466 aa  362  1e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  45.3 
 
 		 414 aa  362  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  45.61 
 
 		 413 aa  362  1e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  46.06 
 
 		 422 aa  362  2e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.5 
 
 		 404 aa  361  2e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.64 
 
 		 404 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.65 
 
 		 470 aa  361  3e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.64 
 
 		 404 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  47.6 
 
 		 421 aa  360  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  48.64 
 
 		 403 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  45.02 
 
 		 421 aa  360  4e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.5 
 
 		 404 aa  360  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.14 
 
 		 404 aa  359  8e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  47.5 
 
 		 404 aa  359  9e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.75 
 
 		 404 aa  359  9e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.5 
 
 		 404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.5 
 
 		 404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  47.5 
 
 		 404 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  47.89 
 
 		 403 aa  357  5e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  47.25 
 
 		 404 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  47.89 
 
 		 403 aa  356  6.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.25 
 
 		 404 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.25 
 
 		 404 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.89 
 
 		 403 aa  356  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.25 
 
 		 404 aa  356  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  45.04 
 
 		 433 aa  355  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.43 
 
 		 421 aa  355  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  45.43 
 
 		 421 aa  354  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.83 
 
 		 467 aa  353  5e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.32 
 
 		 466 aa  353  5.9999999999999994e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  41.05 
 
 		 466 aa  351  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  45.48 
 
 		 469 aa  349  9e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  46.78 
 
 		 419 aa  349  1e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  44.08 
 
 		 459 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  43.6 
 
 		 459 aa  347  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.84 
 
 		 460 aa  347  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.6 
 
 		 460 aa  347  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>