143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3040 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3040  cytochrome c1  100 
 
 
294 aa  607  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2776  cytochrome c1  93.88 
 
 
294 aa  532  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3203  cytochrome c1  76.61 
 
 
284 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1539  cytochrome c1  76.95 
 
 
289 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  72.73 
 
 
281 aa  392  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1541  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1, putative  66.78 
 
 
295 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1490  putative ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  66.78 
 
 
318 aa  375  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.531378  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1625  cytochrome c1  67.68 
 
 
290 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  57.26 
 
 
689 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  62.2 
 
 
687 aa  297  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  56.85 
 
 
689 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  59.76 
 
 
688 aa  292  5e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  51.56 
 
 
690 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  57.09 
 
 
298 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  56.69 
 
 
298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  58.7 
 
 
688 aa  281  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3799  cytochrome c1  54.86 
 
 
297 aa  279  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0465  cytochrome c1  55.34 
 
 
302 aa  271  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  50.35 
 
 
688 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  48.61 
 
 
285 aa  261  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.221677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2767  cytochrome c1  54.18 
 
 
297 aa  246  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2544  cytochrome c1  54.18 
 
 
297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  49.14 
 
 
269 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0703  cytochrome c1  47.29 
 
 
284 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403643  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2244  cytochrome c1  44.95 
 
 
262 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400916  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2472  cytochrome c1  55.75 
 
 
307 aa  221  9e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.546369  normal  0.0330424 
 
 
-
 
NC_002978  WD1070  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  47.08 
 
 
252 aa  215  5.9999999999999996e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0510  cytochrome c1  44.21 
 
 
251 aa  214  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  44.21 
 
 
252 aa  212  7e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0738  cytochrome c1  45.2 
 
 
269 aa  209  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0973071 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1394  cytochrome c1  44.75 
 
 
280 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00630  electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex, putative  44.44 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0899568  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0277  cytochrome c1  46.25 
 
 
253 aa  198  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0676  cytochrome c1  44.71 
 
 
271 aa  198  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.140638  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  42.86 
 
 
272 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28125  predicted protein  45.8 
 
 
251 aa  194  2e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.138363  normal  0.0229296 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2307  cytochrome c1  45.75 
 
 
450 aa  188  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  decreased coverage  0.0079978 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0626  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  42.68 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.415478  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86147  cytochrome c1  37.2 
 
 
288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26515  predicted protein  40.25 
 
 
272 aa  181  2e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00357  Ubiquinol-cytochrome c reductase (Eurofung)  39.3 
 
 
316 aa  178  8e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1394  cytochrome c1 precursor  42.11 
 
 
285 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0061  cytochrome c1  42.11 
 
 
285 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.197339  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0327  cytochrome c1  42.15 
 
 
269 aa  165  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2801  cytochrome c1  39.03 
 
 
286 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.824407  normal  0.36289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3276  cytochrome c1  42.15 
 
 
264 aa  156  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2812  cytochrome c1  40.91 
 
 
263 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  35.12 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2946  cytochrome c1  36.06 
 
 
243 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  27.91 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.2 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  28.33 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  27.2 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  27.2 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  26.78 
 
 
232 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  28.69 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  26.78 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  26.78 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  26.91 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  26.36 
 
 
231 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  26.36 
 
 
231 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  26.36 
 
 
232 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  27.62 
 
 
231 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  28.46 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  26.64 
 
 
244 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  28.33 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  28.34 
 
 
251 aa  70.1  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  25.82 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  26.3 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  26.38 
 
 
247 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  25.94 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0137  cytochrome c1  26.41 
 
 
257 aa  67  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.148946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  25.41 
 
 
257 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  25 
 
 
251 aa  67  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  25.51 
 
 
251 aa  67  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  25.51 
 
 
251 aa  67  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  26.69 
 
 
248 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0127  cytochrome c1  26.83 
 
 
257 aa  67  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0525293  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  24.19 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  24.7 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2696  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3673  cytochrome c1 precursor  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.276349  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2975  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.674351  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3258  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
259 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3648  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3705  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2746  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.27 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  25.32 
 
 
253 aa  63.2  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  25.63 
 
 
251 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3228  cytochrome c1  26.38 
 
 
247 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3204  cytochrome c1  26.05 
 
 
247 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.831263 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2660  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome C1  25.7 
 
 
245 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0667489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00439  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  27.06 
 
 
247 aa  59.7  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288886  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0993  cytochrome c1  27.27 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.697791  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  27.56 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2857  cytochrome c1  26.34 
 
 
247 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.453799 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0346  cytochrome c1  22.54 
 
 
252 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0422  cytochrome c1  23.45 
 
 
252 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674989  hitchhiker  0.0000052369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  24.39 
 
 
244 aa  57.4  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>