143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3799 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3799  cytochrome c1  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  66.27 
 
 		 285 aa  355  5e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.221677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  59.18 
 
 		 689 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  58.21 
 
 		 689 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  57.03 
 
 		 281 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  56.82 
 
 		 690 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  56.44 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  56.44 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  55.81 
 
 		 688 aa  289  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  58.94 
 
 		 688 aa  289  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  59.84 
 
 		 687 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0465  cytochrome c1  57.25 
 
 		 302 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3203  cytochrome c1  54.58 
 
 		 284 aa  285  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  52.04 
 
 		 688 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2767  cytochrome c1  55.81 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2544  cytochrome c1  51.51 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1625  cytochrome c1  53.87 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1539  cytochrome c1  50.52 
 
 		 289 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3040  cytochrome c1  50.85 
 
 		 294 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1541  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1, putative  54.8 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1490  putative ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  54.8 
 
 		 318 aa  254  9e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.531378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2244  cytochrome c1  52.89 
 
 		 262 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400916  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2776  cytochrome c1  53.78 
 
 		 294 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0510  cytochrome c1  47.15 
 
 		 251 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00016133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2472  cytochrome c1  52.76 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.546369  normal  0.0330424 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  47.74 
 
 		 252 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1070  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  44.73 
 
 		 252 aa  214  1.9999999999999998e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  45.42 
 
 		 272 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2307  cytochrome c1  44.76 
 
 		 450 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  decreased coverage  0.0079978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0703  cytochrome c1  45.86 
 
 		 284 aa  199  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403643  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00630  electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex, putative  43.03 
 
 		 320 aa  198  7.999999999999999e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0899568  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0738  cytochrome c1  42.17 
 
 		 269 aa  195  7e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0973071 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1394  cytochrome c1 precursor  43.51 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0061  cytochrome c1  43.51 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.197339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  43.65 
 
 		 269 aa  181  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0277  cytochrome c1  44.44 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2801  cytochrome c1  39.78 
 
 		 286 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.824407  normal  0.36289 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86147  cytochrome c1  40.38 
 
 		 288 aa  179  4.999999999999999e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0626  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  41.08 
 
 		 256 aa  177  3e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.415478  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1394  cytochrome c1  42.68 
 
 		 280 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2812  cytochrome c1  42.51 
 
 		 263 aa  175  7e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.375315 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00357  Ubiquinol-cytochrome c reductase (Eurofung)  40.16 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0676  cytochrome c1  37.84 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.140638  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28125  predicted protein  42.39 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.138363  normal  0.0229296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3276  cytochrome c1  41.84 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0327  cytochrome c1  42.26 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26515  predicted protein  37.65 
 
 		 272 aa  162  6e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  33.33 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2946  cytochrome c1  36.65 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  24.68 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  27.43 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  27.43 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  25.74 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  25.74 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  25.74 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  26 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  25.74 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  27.73 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  25.32 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  25.32 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  25.32 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  25.74 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  25.32 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  24.68 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  26.58 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  23.95 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1960  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.97 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00439  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  27.2 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288886  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  25.88 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  26.25 
 
 		 241 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  24.11 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  25.41 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3228  cytochrome c1  24.31 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  24.21 
 
 		 251 aa  65.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0422  cytochrome c1  26.32 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674989  hitchhiker  0.0000052369 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2664  cytochrome c1  26.32 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.756907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  24 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0443  cytochrome c1  26.32 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0361  cytochrome c1  25.7 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  26.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  23.36 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  27.2 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0370  cytochrome c1  25.7 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  21.98 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0346  cytochrome c1  26.1 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  24.32 
 
 		 247 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  25.29 
 
 		 251 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.27 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2696  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.27 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3673  cytochrome c1 precursor  26.72 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.276349  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3541  cytochrome c1  25.7 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3258  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.27 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3648  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.72 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3705  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.72 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2746  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.27 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  24.51 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1943  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  27.6 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.810872  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  24.51 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1878  cytochrome c1  27.6 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.744991  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  23.14 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>