More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0925 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  78.29 
 
 
688 aa  1130    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  73.04 
 
 
687 aa  1059    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  81.16 
 
 
689 aa  1184    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  73.33 
 
 
688 aa  1046    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  100 
 
 
690 aa  1413    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  81.45 
 
 
689 aa  1185    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  73.12 
 
 
688 aa  1041    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.39 
 
 
424 aa  604  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  68.27 
 
 
418 aa  590  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  68.03 
 
 
417 aa  590  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  66.03 
 
 
430 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  67.23 
 
 
428 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  65.56 
 
 
430 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  65.56 
 
 
430 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  67.47 
 
 
425 aa  569  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.04 
 
 
420 aa  567  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  69.76 
 
 
428 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  66.27 
 
 
426 aa  564  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  65.01 
 
 
439 aa  563  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  64.52 
 
 
422 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  65.06 
 
 
422 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  65.06 
 
 
426 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  64.07 
 
 
428 aa  545  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  63.64 
 
 
428 aa  532  1e-150  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  63.07 
 
 
432 aa  523  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  62.74 
 
 
431 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  62.59 
 
 
432 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  62.18 
 
 
405 aa  503  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  58.45 
 
 
426 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.73 
 
 
421 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  59.15 
 
 
409 aa  489  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  56.76 
 
 
429 aa  483  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  55.68 
 
 
451 aa  478  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  58.15 
 
 
410 aa  474  1e-132  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.33 
 
 
440 aa  471  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  56.13 
 
 
449 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  58.93 
 
 
408 aa  472  1.0000000000000001e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  56.29 
 
 
445 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.06 
 
 
445 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.15 
 
 
445 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  54.99 
 
 
442 aa  464  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.65 
 
 
408 aa  461  9.999999999999999e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.78 
 
 
401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  49.25 
 
 
408 aa  383  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  48.66 
 
 
410 aa  383  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  51.26 
 
 
403 aa  385  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  48.75 
 
 
417 aa  385  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  47.37 
 
 
426 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  47.52 
 
 
410 aa  381  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  35.59 
 
 
747 aa  381  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  49.63 
 
 
404 aa  373  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  49.63 
 
 
404 aa  373  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  48.87 
 
 
403 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  48.62 
 
 
403 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  47.53 
 
 
459 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  47.73 
 
 
422 aa  371  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  46.17 
 
 
421 aa  369  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  48.76 
 
 
404 aa  363  4e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  46.34 
 
 
413 aa  362  1e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.51 
 
 
404 aa  361  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  361  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  361  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.77 
 
 
404 aa  361  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.62 
 
 
404 aa  359  9e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.62 
 
 
404 aa  359  9e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  48.62 
 
 
403 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  47.26 
 
 
404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.12 
 
 
404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  45.76 
 
 
433 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  47.37 
 
 
421 aa  358  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  47.87 
 
 
403 aa  357  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  46.77 
 
 
404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.51 
 
 
404 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  45.22 
 
 
422 aa  356  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.37 
 
 
403 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  356  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.26 
 
 
404 aa  356  1e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.01 
 
 
404 aa  353  5e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  48.16 
 
 
469 aa  353  5.9999999999999994e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  43.38 
 
 
414 aa  353  7e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.4 
 
 
410 aa  353  7e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  44.98 
 
 
421 aa  353  8.999999999999999e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  41.26 
 
 
466 aa  352  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.24 
 
 
470 aa  352  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.08 
 
 
423 aa  350  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  44.98 
 
 
421 aa  350  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  46.52 
 
 
404 aa  350  6e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  46.02 
 
 
422 aa  350  7e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.52 
 
 
404 aa  350  7e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.52 
 
 
404 aa  350  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  46.7 
 
 
419 aa  349  9e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  47.37 
 
 
403 aa  349  9e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  41.48 
 
 
466 aa  348  2e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  46.25 
 
 
464 aa  344  4e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.88 
 
 
466 aa  343  5e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.39 
 
 
467 aa  343  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  41.61 
 
 
466 aa  342  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  43.19 
 
 
459 aa  339  9e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>