137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1539 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1539  cytochrome c1  100 
 
 		 289 aa  598  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3203  cytochrome c1  80.97 
 
 		 284 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3040  cytochrome c1  76.95 
 
 		 294 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2776  cytochrome c1  76.27 
 
 		 294 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  69.62 
 
 		 281 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1490  putative ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  69.06 
 
 		 318 aa  371  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.531378  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1625  cytochrome c1  65.87 
 
 		 290 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1541  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1, putative  69.06 
 
 		 295 aa  371  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  56.23 
 
 		 687 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  50.88 
 
 		 689 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  50.88 
 
 		 689 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  56.13 
 
 		 688 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3799  cytochrome c1  57.26 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0465  cytochrome c1  53.06 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  53.12 
 
 		 688 aa  275  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  52.77 
 
 		 298 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  48.76 
 
 		 690 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  51.66 
 
 		 298 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  46.88 
 
 		 688 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2767  cytochrome c1  50.18 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2544  cytochrome c1  49.82 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  46.62 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.221677 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2244  cytochrome c1  47.52 
 
 		 262 aa  231  9e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400916  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  47.54 
 
 		 269 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0510  cytochrome c1  45.87 
 
 		 251 aa  224  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  45.9 
 
 		 252 aa  221  9.999999999999999e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0703  cytochrome c1  47.02 
 
 		 284 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1070  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  47.08 
 
 		 252 aa  218  8.999999999999998e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2472  cytochrome c1  52.36 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.546369  normal  0.0330424 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  41.86 
 
 		 272 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0738  cytochrome c1  44 
 
 		 269 aa  203  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0973071 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00630  electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex, putative  45.3 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0899568  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1394  cytochrome c1  43.73 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0676  cytochrome c1  40.14 
 
 		 271 aa  189  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.140638  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2307  cytochrome c1  44.35 
 
 		 450 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  decreased coverage  0.0079978 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0277  cytochrome c1  43.75 
 
 		 253 aa  186  5e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0626  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  42.92 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.415478  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26515  predicted protein  40.62 
 
 		 272 aa  183  3e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86147  cytochrome c1  37.82 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28125  predicted protein  45.22 
 
 		 251 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.138363  normal  0.0229296 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00357  Ubiquinol-cytochrome c reductase (Eurofung)  39.71 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2812  cytochrome c1  41.22 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1394  cytochrome c1 precursor  38.81 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0061  cytochrome c1  38.81 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.197339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2801  cytochrome c1  36.43 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.824407  normal  0.36289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0327  cytochrome c1  40.57 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3276  cytochrome c1  40.41 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  33.59 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2946  cytochrome c1  36.32 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  28.33 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  26.97 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  26.97 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  26.97 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  26.97 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  26.56 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  26.56 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  26.56 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  26.97 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  26.97 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  26.67 
 
 		 233 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  25.08 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1404  cytochrome c1  28.28 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  27.78 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  28.33 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  26.56 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0137  cytochrome c1  25.42 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.148946 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2857  cytochrome c1  26.28 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.453799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3204  cytochrome c1  26.26 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.831263 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  25.78 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  25 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  25.21 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1831  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  28.23 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.188895 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  23.67 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  25.74 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  25.74 
 
 		 251 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0127  cytochrome c1  24.83 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0525293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2660  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome C1  26.75 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0667489  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3091  cytochrome c1  27.78 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  23.89 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  24.05 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  23.51 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  25 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  25.21 
 
 		 248 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3699  cytochrome c1  26.25 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3228  cytochrome c1  27.43 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0715  cytochrome c1  25.63 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1960  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  27.31 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  24.7 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  23.85 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  25.31 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0823  cytochrome c1  22.74 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.862192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00439  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  26.69 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288886  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1003  cytochrome c1  25 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0835319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  25.94 
 
 		 249 aa  55.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004507  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase cytochrome C1 subunit  23.43 
 
 		 245 aa  54.7  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000302738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1202  cytochrome c1  22.22 
 
 		 257 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2975  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  25.21 
 
 		 252 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.674351  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0370  cytochrome c1  23.18 
 
 		 252 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1807  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  25.97 
 
 		 259 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00885  ubiquinol-cytochrome c reductase  25 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>