More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2231 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  271  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  68.7 
 
 		 134 aa  192  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 		 131 aa  146  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  53.66 
 
 		 131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  50.41 
 
 		 131 aa  143  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  52.71 
 
 		 134 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  48.46 
 
 		 132 aa  141  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  48.82 
 
 		 132 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  49.61 
 
 		 137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 132 aa  136  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  49.24 
 
 		 137 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  48 
 
 		 130 aa  134  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 142 aa  130  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  47.2 
 
 		 131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  49.22 
 
 		 131 aa  128  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  44.53 
 
 		 131 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  48.8 
 
 		 148 aa  125  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  45.74 
 
 		 136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 130 aa  125  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 		 142 aa  124  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  44.09 
 
 		 130 aa  118  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 130 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 130 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 130 aa  116  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 130 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 133 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 143 aa  94  7e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 137 aa  92  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  31.5 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  34.56 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  34.56 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01013  hypothetical protein  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2632  Endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.763803  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1128  rutC protein  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01020  hypothetical protein  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2585  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0607666 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1125  rutC protein  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2115  rutC protein  34.56 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  36.36 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3737  endoribonuclease L-PSP  42.57 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1821  endoribonuclease L-PSP  34.07 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.623023  normal  0.012204 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1160  hypothetical protein  39.62 
 
 		 128 aa  66.6  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  38.68 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  40.57 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0365  endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4805  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4861  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4742  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4711  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.31675 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0434  putative endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0498  endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4840  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  35.11 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  35.09 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1155  endoribonuclease L-PSP family protein  35.61 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  35.61 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  43.68 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0997  endoribonuclease L-PSP  35.61 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  42.53 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  42.53 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  29.41 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0445  putative endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.013198 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  29.41 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1306  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.566325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  34.91 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  36.57 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4816  putative endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1582  endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>