More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0835 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 341 aa  704    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  55.05 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  54.25 
 
 		 341 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  54.84 
 
 		 339 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  39.63 
 
 		 347 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  36.01 
 
 		 344 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 		 350 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 350 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  30.26 
 
 		 359 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  31.87 
 
 		 452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  31.87 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.65 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  31.87 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  30.73 
 
 		 365 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  31.87 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.42 
 
 		 367 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.92 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  31.15 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.43 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  32.11 
 
 		 371 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  29.81 
 
 		 346 aa  169  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  32.45 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  30.12 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 366 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  30.03 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 366 aa  165  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4255  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000172827  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.44 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  30.11 
 
 		 345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 387 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  33.57 
 
 		 396 aa  162  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 387 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.51 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  33.94 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.23 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  29.03 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 387 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.96 
 
 		 363 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 365 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 366 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  32.34 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2802  extracellular solute-binding protein  33.45 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121875  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.23 
 
 		 364 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.12 
 
 		 345 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 364 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 		 345 aa  155  8e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 401 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 364 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 373 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 364 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 		 358 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 364 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  30.86 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  30 
 
 		 373 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.34 
 
 		 369 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.05 
 
 		 365 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.68 
 
 		 366 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.37 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  29.48 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.72 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.44 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.44 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  28.44 
 
 		 345 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.44 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  29.36 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.32 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.73 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 364 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 364 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.06 
 
 		 369 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.65 
 
 		 373 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 362 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.74 
 
 		 391 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>