More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0369 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  50.49 
 
 		 799 aa  667    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 871 aa  1777    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  43.17 
 
 		 827 aa  668    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  50.65 
 
 		 810 aa  706    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  43 
 
 		 810 aa  668    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  52.42 
 
 		 799 aa  697    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  43.69 
 
 		 808 aa  704    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  46.81 
 
 		 814 aa  744    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  44.62 
 
 		 809 aa  730    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  45.78 
 
 		 814 aa  702    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  43.34 
 
 		 847 aa  729    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  41.23 
 
 		 495 aa  355  2.9999999999999997e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  41.42 
 
 		 501 aa  345  2e-93  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  39.19 
 
 		 494 aa  330  7e-89  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  28.41 
 
 		 856 aa  327  5e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  31.44 
 
 		 815 aa  322  1.9999999999999998e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  35.88 
 
 		 873 aa  320  5e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  32.02 
 
 		 891 aa  320  1e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.66 
 
 		 855 aa  318  2e-85  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  38.83 
 
 		 505 aa  316  9e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  28.55 
 
 		 863 aa  316  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  30.16 
 
 		 863 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  26.03 
 
 		 910 aa  315  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  38.43 
 
 		 499 aa  314  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  29.04 
 
 		 863 aa  311  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  26.84 
 
 		 862 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 		 824 aa  308  4.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  32.19 
 
 		 814 aa  307  5.0000000000000004e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  38.91 
 
 		 526 aa  307  6e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  36.85 
 
 		 505 aa  306  1.0000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  35.94 
 
 		 574 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  36.22 
 
 		 574 aa  304  6.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  37.9 
 
 		 506 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  29.05 
 
 		 874 aa  302  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  34.74 
 
 		 908 aa  302  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  36.15 
 
 		 527 aa  298  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  35.26 
 
 		 574 aa  295  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  34.93 
 
 		 633 aa  291  4e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  34.99 
 
 		 587 aa  288  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  30.42 
 
 		 808 aa  285  3.0000000000000004e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  33.73 
 
 		 526 aa  282  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  27.45 
 
 		 853 aa  282  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  34.63 
 
 		 523 aa  278  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  34.11 
 
 		 495 aa  278  3e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  34.63 
 
 		 508 aa  278  5e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  35.04 
 
 		 585 aa  277  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  37.84 
 
 		 525 aa  277  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  38.09 
 
 		 525 aa  277  6e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  32.69 
 
 		 527 aa  275  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  36.29 
 
 		 499 aa  274  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  35.48 
 
 		 568 aa  273  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  35.05 
 
 		 528 aa  271  5e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  35.8 
 
 		 499 aa  270  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  33.6 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  35.46 
 
 		 518 aa  268  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 505 aa  265  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.65 
 
 		 540 aa  264  4.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  30.62 
 
 		 822 aa  263  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  35.49 
 
 		 518 aa  261  3e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  35.49 
 
 		 518 aa  261  3e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  35.28 
 
 		 518 aa  261  5.0000000000000005e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  35.28 
 
 		 518 aa  261  5.0000000000000005e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  35.62 
 
 		 544 aa  260  7e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  44.06 
 
 		 554 aa  260  7e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  34.51 
 
 		 537 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 537 aa  259  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  34.32 
 
 		 498 aa  259  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 537 aa  259  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  29.29 
 
 		 816 aa  258  3e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  34.78 
 
 		 535 aa  256  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  35.11 
 
 		 496 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  38.24 
 
 		 462 aa  254  5.000000000000001e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  33.68 
 
 		 498 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  34.03 
 
 		 500 aa  250  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  36.17 
 
 		 547 aa  249  2e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  33.2 
 
 		 505 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  32.91 
 
 		 496 aa  241  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  33.2 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  31.2 
 
 		 508 aa  238  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.34 
 
 		 860 aa  236  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.19 
 
 		 534 aa  234  4.0000000000000004e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  31.34 
 
 		 523 aa  233  1e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  31.2 
 
 		 503 aa  233  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  31.6 
 
 		 492 aa  231  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.13 
 
 		 508 aa  231  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  39.71 
 
 		 535 aa  231  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  40.91 
 
 		 534 aa  229  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  30.78 
 
 		 522 aa  227  7e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  32.02 
 
 		 523 aa  226  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  30.99 
 
 		 524 aa  225  3e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  30.59 
 
 		 489 aa  224  4.9999999999999996e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  33.06 
 
 		 522 aa  224  7e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 527 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  31.89 
 
 		 517 aa  223  1.9999999999999999e-56  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  30.31 
 
 		 493 aa  223  1.9999999999999999e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  33.06 
 
 		 522 aa  221  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  33.13 
 
 		 516 aa  221  3.9999999999999997e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  32.87 
 
 		 680 aa  220  7e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  33.33 
 
 		 511 aa  220  1e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  32.16 
 
 		 522 aa  220  1e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>