More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2380 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  100 
 
 		 238 aa  494  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  66.39 
 
 		 238 aa  345  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  56.9 
 
 		 260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  56.6 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  55.84 
 
 		 219 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 232 aa  252  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 236 aa  249  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  50.4 
 
 		 245 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  50.4 
 
 		 244 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  50.4 
 
 		 245 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  50 
 
 		 244 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  54.7 
 
 		 229 aa  247  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  51.5 
 
 		 223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  40.35 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.24 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.24 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 219 aa  175  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 217 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.68 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 219 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.82 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.82 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 217 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  43.22 
 
 		 238 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  38.4 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 225 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 217 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 225 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 225 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 225 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.6 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.19 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  39.64 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 217 aa  164  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.59 
 
 		 221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  40.26 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 567 aa  161  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  39.19 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  40.26 
 
 		 223 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 219 aa  158  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 217 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  38.6 
 
 		 217 aa  155  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 211 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.73 
 
 		 213 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  38.4 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 211 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  40 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 204 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  38.96 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 211 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 256 aa  152  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 211 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.94 
 
 		 211 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 241 aa  151  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  39.47 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.77 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  35.24 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 211 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.53 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 211 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 570 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  35.84 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 579 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 217 aa  144  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 551 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 218 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>