More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1275 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0908  signal transduction histidine kinase-like protein  56.23 
 
 		 680 aa  749    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 679 aa  1397    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0693701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1084  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.07 
 
 		 678 aa  808    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  75.15 
 
 		 692 aa  1056    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  32.89 
 
 		 1005 aa  261  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 		 628 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 		 1215 aa  241  4e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.05 
 
 		 673 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  35.7 
 
 		 812 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 966 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 		 1165 aa  238  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  31.5 
 
 		 544 aa  238  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 		 782 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 		 589 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 		 1053 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 		 714 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 		 812 aa  234  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 		 781 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 		 1105 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.65 
 
 		 1076 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 1022 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 588 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  36 
 
 		 936 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  35 
 
 		 695 aa  233  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 589 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 689 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 650 aa  232  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  36.21 
 
 		 622 aa  231  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 		 732 aa  231  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 622 aa  231  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 		 957 aa  230  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2172  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 		 658 aa  231  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 		 1050 aa  230  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  33.11 
 
 		 646 aa  230  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 810 aa  230  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 589 aa  230  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 589 aa  230  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  34.3 
 
 		 646 aa  230  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 492 aa  230  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  39.39 
 
 		 678 aa  229  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.63 
 
 		 807 aa  229  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 769 aa  229  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1089 aa  229  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 		 926 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 		 734 aa  227  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  35.29 
 
 		 556 aa  227  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 		 789 aa  227  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  34.24 
 
 		 1112 aa  227  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 657 aa  227  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 611 aa  226  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 		 611 aa  226  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 611 aa  226  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 743 aa  226  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 611 aa  226  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 998 aa  226  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 611 aa  226  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 611 aa  226  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.7 
 
 		 1328 aa  226  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 1095 aa  225  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  30.74 
 
 		 695 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 695 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  34.08 
 
 		 673 aa  224  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  35.08 
 
 		 847 aa  224  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 		 1651 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  29.86 
 
 		 544 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.85 
 
 		 696 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 		 1631 aa  223  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 1086 aa  223  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.16 
 
 		 933 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.34 
 
 		 1036 aa  223  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  28.87 
 
 		 539 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 		 753 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 		 660 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 		 522 aa  223  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 		 943 aa  222  1.9999999999999999e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 625 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 999 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 		 916 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 905 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  36.36 
 
 		 742 aa  221  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 		 622 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 		 1092 aa  221  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  36.73 
 
 		 490 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 		 638 aa  221  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  35.38 
 
 		 691 aa  220  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 899 aa  221  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 553 aa  221  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 807 aa  220  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  35.7 
 
 		 529 aa  219  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 		 686 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  35.9 
 
 		 691 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 1646 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 		 926 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 		 789 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 		 789 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 557 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  35.61 
 
 		 1086 aa  219  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 		 889 aa  218  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.75 
 
 		 741 aa  219  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.57 
 
 		 632 aa  219  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>