More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3426 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
229 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  44.29 
 
 
236 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  44.39 
 
 
237 aa  174  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.76 
 
 
226 aa  164  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  43.38 
 
 
230 aa  161  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.12 
 
 
225 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
229 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  45.6 
 
 
226 aa  151  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  43.27 
 
 
223 aa  151  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  43.38 
 
 
241 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  39.91 
 
 
226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  41.71 
 
 
239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  42.73 
 
 
237 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  43.98 
 
 
239 aa  131  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.41 
 
 
243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.9 
 
 
243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  39.34 
 
 
229 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  38.97 
 
 
231 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  38.97 
 
 
231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  38.97 
 
 
231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  40.28 
 
 
234 aa  118  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  38.5 
 
 
222 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  38.5 
 
 
235 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  41.09 
 
 
234 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  38.5 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  38.5 
 
 
235 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.22 
 
 
226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  41.49 
 
 
233 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  35.78 
 
 
230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  35.38 
 
 
223 aa  112  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.2 
 
 
192 aa  111  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  37.27 
 
 
183 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.37 
 
 
211 aa  108  5e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.72 
 
 
216 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.21 
 
 
202 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
177 aa  105  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  28.17 
 
 
221 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
222 aa  100  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  35.29 
 
 
204 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  40.49 
 
 
295 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
198 aa  99.8  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
222 aa  99.8  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.48 
 
 
220 aa  99  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.21 
 
 
211 aa  99  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
199 aa  99  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.55 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.55 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2515  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
204 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000238354 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.19 
 
 
190 aa  97.4  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.89 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.89 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  36.36 
 
 
230 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.97 
 
 
191 aa  97.1  2e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  35.68 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.05 
 
 
193 aa  97.4  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
209 aa  97.1  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.365192  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
205 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
392 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.63 
 
 
223 aa  95.9  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.88 
 
 
209 aa  95.9  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.53 
 
 
192 aa  95.5  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.26 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  95.1  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.09 
 
 
206 aa  95.1  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
185 aa  94.7  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  94.4  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.83 
 
 
193 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.68 
 
 
189 aa  94.4  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.56 
 
 
200 aa  94.4  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
199 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.73 
 
 
192 aa  93.6  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.57 
 
 
192 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.12 
 
 
206 aa  93.6  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
219 aa  93.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
209 aa  93.2  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
199 aa  92.8  4e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.24 
 
 
206 aa  92.8  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.14 
 
 
195 aa  92.8  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
199 aa  92.4  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.73 
 
 
200 aa  92  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>