More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_29060 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  100 
 
 
414 aa  820    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.54 
 
 
415 aa  370  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  44.69 
 
 
415 aa  317  2e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  43.28 
 
 
426 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
439 aa  257  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  38.81 
 
 
424 aa  256  7e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  38.42 
 
 
449 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 
412 aa  210  4e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  35.17 
 
 
426 aa  199  6e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  35.06 
 
 
422 aa  194  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  45.5 
 
 
446 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 
442 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  33.57 
 
 
439 aa  146  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  29.92 
 
 
421 aa  146  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
404 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
441 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
442 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.18 
 
 
449 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
440 aa  138  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.83 
 
 
444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
388 aa  133  6e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0778  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
437 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.964446  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
433 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
440 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0893  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
423 aa  124  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
440 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
439 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  30.46 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
399 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
401 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
418 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.49 
 
 
393 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
394 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
376 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1387  Extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
424 aa  105  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
376 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
381 aa  105  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
401 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
399 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
396 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
460 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
410 aa  102  9e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
393 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  27.42 
 
 
420 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
372 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
394 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.51 
 
 
394 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
394 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
376 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
388 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
372 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.45 
 
 
396 aa  96.3  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
400 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
373 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.66 
 
 
374 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  24.52 
 
 
368 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
374 aa  94  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  24.52 
 
 
368 aa  94  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
371 aa  94  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
375 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
401 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
398 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
370 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  26.4 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
401 aa  91.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  31.31 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.4 
 
 
376 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.92 
 
 
399 aa  90.5  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.4 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
375 aa  90.1  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
369 aa  90.1  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.4 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.7 
 
 
373 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.98 
 
 
373 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
384 aa  89.7  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  29.17 
 
 
373 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
405 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
368 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.56 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1576  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
427 aa  88.2  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0597639  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
380 aa  88.2  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  27.07 
 
 
372 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
391 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
401 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>