More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_0174 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
449 aa  890    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  82.85 
 
 
444 aa  686    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.96 
 
 
446 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  42.04 
 
 
439 aa  172  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  46.22 
 
 
426 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.96 
 
 
415 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  36.91 
 
 
449 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  41.52 
 
 
414 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  36.73 
 
 
424 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  41.41 
 
 
426 aa  133  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  35.42 
 
 
412 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  36.97 
 
 
422 aa  131  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  38.12 
 
 
415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  39.73 
 
 
421 aa  116  6.9999999999999995e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
397 aa  99  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  32.56 
 
 
399 aa  99  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
372 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 
394 aa  96.3  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  35.32 
 
 
404 aa  94.4  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  32.88 
 
 
395 aa  93.6  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  34.51 
 
 
394 aa  93.2  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.07 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  32.5 
 
 
399 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
376 aa  92  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 
441 aa  91.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 
442 aa  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  33.01 
 
 
368 aa  91.3  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
372 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
388 aa  90.1  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
373 aa  90.1  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
373 aa  90.1  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 
375 aa  89.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
370 aa  89.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1736  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.09 
 
 
425 aa  89  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
440 aa  89  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
417 aa  88.6  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
372 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
372 aa  87.4  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 
371 aa  87  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  31.22 
 
 
371 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  31.22 
 
 
371 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  31.22 
 
 
371 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.67 
 
 
399 aa  86.7  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
373 aa  86.7  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  31.13 
 
 
371 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
368 aa  86.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  36.26 
 
 
439 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  29.78 
 
 
368 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
372 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  29.33 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  35.9 
 
 
394 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  36.45 
 
 
440 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  36.45 
 
 
440 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
376 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  26.54 
 
 
371 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
400 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2456  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
409 aa  77.4  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 
378 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
375 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  30.26 
 
 
413 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
370 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3090  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.989636  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
369 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
375 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  30.26 
 
 
374 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  29.15 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
401 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  29.15 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.89 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30.04 
 
 
371 aa  73.9  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
388 aa  73.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  29.72 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  29.72 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  29.72 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  29.72 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
372 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.82 
 
 
371 aa  72.8  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
374 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  29.92 
 
 
420 aa  72.8  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
376 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
372 aa  73.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.82 
 
 
371 aa  72.8  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  37.57 
 
 
433 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0778  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
437 aa  72.4  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.964446  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
447 aa  72.4  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  30.18 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>