More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0165 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
444 aa  882    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  82.85 
 
 
449 aa  686    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.21 
 
 
446 aa  301  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  40.51 
 
 
439 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  41.7 
 
 
426 aa  156  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.52 
 
 
415 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  40.18 
 
 
414 aa  143  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  37.78 
 
 
449 aa  143  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  37.44 
 
 
424 aa  141  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  35.66 
 
 
412 aa  134  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  39.33 
 
 
426 aa  134  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  39.46 
 
 
415 aa  133  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  37.89 
 
 
422 aa  126  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  38.91 
 
 
421 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
372 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  39.33 
 
 
394 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  37.95 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.35 
 
 
394 aa  94.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
397 aa  94.4  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 
404 aa  94  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
399 aa  93.6  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
376 aa  93.2  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 
441 aa  92  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  33.64 
 
 
372 aa  92  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
388 aa  92.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
399 aa  91.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
375 aa  90.1  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  27.83 
 
 
371 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
373 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 
440 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 
440 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  34.91 
 
 
439 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  34.06 
 
 
442 aa  87  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
400 aa  87.4  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 
370 aa  87.4  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
368 aa  86.7  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1736  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.98 
 
 
425 aa  86.7  9e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
440 aa  85.5  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  35.58 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
417 aa  84  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.36 
 
 
399 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.9 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.9 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.9 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
372 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3090  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
425 aa  81.3  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.989636  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.44 
 
 
371 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.24 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.24 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
394 aa  81.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2456  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
409 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
370 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.48 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.87 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
368 aa  76.6  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
371 aa  76.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  26.43 
 
 
368 aa  75.9  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
374 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
370 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
388 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
378 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
358 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
373 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  28.25 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 
378 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  28.51 
 
 
413 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  28.25 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
374 aa  73.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
375 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 
433 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
372 aa  73.6  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
377 aa  73.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  28.51 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.82 
 
 
373 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
375 aa  73.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  28.25 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  28.25 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  28.25 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
370 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>