251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2250 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  100 
 
 		 337 aa  653    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  92.43 
 
 		 340 aa  553  1e-156  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  56.69 
 
 		 317 aa  329  5.0000000000000004e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  54.63 
 
 		 321 aa  307  1.0000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  52.87 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  54.11 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  50 
 
 		 329 aa  266  5e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  48.88 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  47.52 
 
 		 327 aa  256  4e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  47.81 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  48.74 
 
 		 325 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  48.43 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  48.43 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5861  hypothetical protein  46.33 
 
 		 318 aa  252  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3092  transcriptional regulator-like protein  49.2 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.295578  normal  0.213314 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4871  hypothetical protein  47.15 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0785474  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  46.46 
 
 		 319 aa  245  9e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  47.33 
 
 		 316 aa  232  6e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  41.81 
 
 		 344 aa  229  4e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  46.18 
 
 		 323 aa  229  5e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  42.72 
 
 		 326 aa  218  7.999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  42.22 
 
 		 675 aa  204  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  42.72 
 
 		 326 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  43.49 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2651  hypothetical protein  41.44 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  38.39 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  41.76 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  35.28 
 
 		 663 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 683 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  36.59 
 
 		 663 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  38.16 
 
 		 341 aa  154  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1782  transcriptional regulator protein-like protein  40.98 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00000339637  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1867  transcriptional regulator protein-like protein  36.75 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0502476  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  31.01 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  34.67 
 
 		 699 aa  112  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  33.67 
 
 		 368 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  31.86 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  30.18 
 
 		 664 aa  81.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  31.53 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.15 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  31.53 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  24.7 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.01 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  25.79 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.63 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.63 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  27.33 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.63 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.24 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  31.78 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  19.35 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.59 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.29 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  31.02 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  24.35 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.91 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.73 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  25.23 
 
 		 336 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  25.08 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.39 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.17 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.15 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  20.55 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.58 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  30.05 
 
 		 232 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.27 
 
 		 226 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  24.02 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  29.25 
 
 		 687 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.04 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.1 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.32 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  27 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.52 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.31 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  20 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  23.98 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  20.54 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.56 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  23.98 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  29.57 
 
 		 237 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.26 
 
 		 237 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.46 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.09 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  25.23 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.69 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.1 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.45 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  20.55 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  29.58 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  29.58 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  29.58 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.83 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.43 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4016  transcriptional regulator-like protein  25.51 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.620781  normal  0.983747 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.17 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>