170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1114 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 327 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  66.56 
 
 		 328 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.99 
 
 		 326 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.15 
 
 		 329 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.11 
 
 		 327 aa  349  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.35 
 
 		 329 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.96 
 
 		 329 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.23 
 
 		 330 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  53.35 
 
 		 329 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  52.62 
 
 		 330 aa  340  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  52 
 
 		 329 aa  341  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.05 
 
 		 329 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  52.44 
 
 		 329 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  46.06 
 
 		 335 aa  291  8e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  44.58 
 
 		 332 aa  287  2e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.53 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.08 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.51 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.05 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  25.5 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  25.25 
 
 		 307 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  24.75 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  25.25 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  26.89 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.2 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  24.33 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  24.01 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  27.4 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  27.99 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  25.44 
 
 		 312 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.52 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  25.09 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  26.51 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  24.5 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  26.33 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  26.54 
 
 		 321 aa  95.1  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  26.74 
 
 		 301 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  25.94 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.6 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  26.16 
 
 		 326 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  24.31 
 
 		 326 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.72 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.33 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  22.26 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  25.18 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  23.16 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.89 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.09 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.69 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  24.4 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.08 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  22.26 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  25.3 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  22.38 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.51 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  23.59 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  23.02 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  23.02 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  23.02 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  23.18 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.32 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  22.54 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  24.56 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.87 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.7 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.1 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  23.18 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.17 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  20.52 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.02 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.3 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.43 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.77 
 
 		 369 aa  65.9  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  20.98 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  25.75 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.44 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  25.37 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  22.71 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.67 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  21.55 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.95 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.35 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  23.61 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.43 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  21.85 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.96 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  21.85 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  21.85 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  21.85 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  20 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  20.9 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  20.64 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  23.48 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  20.9 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.76 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>