108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1047 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1047  hypothetical protein  100 
 
 
258 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4645  hypothetical protein  46.12 
 
 
246 aa  228  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.73 
 
 
253 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 
256 aa  69.3  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.98 
 
 
265 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
262 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
265 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.7 
 
 
276 aa  58.9  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.73 
 
 
263 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1920  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  27.41 
 
 
252 aa  55.5  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.541755  hitchhiker  0.00384825 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
270 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  23.14 
 
 
2213 aa  53.9  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  25 
 
 
2035 aa  53.5  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.16 
 
 
243 aa  52.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
252 aa  52.4  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 
247 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
264 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
264 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  26.19 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.19 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  26.19 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
260 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
246 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.61 
 
 
243 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.19 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.53 
 
 
283 aa  49.7  0.00004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
1109 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.71 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.71 
 
 
264 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  27.67 
 
 
247 aa  48.9  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  23.5 
 
 
502 aa  48.9  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  23.5 
 
 
502 aa  48.9  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.22 
 
 
243 aa  48.5  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.71 
 
 
264 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
283 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.19 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.19 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.19 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  23.79 
 
 
274 aa  48.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.37 
 
 
251 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  27.1 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.22 
 
 
243 aa  48.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.19 
 
 
245 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.19 
 
 
245 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 
259 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.44 
 
 
263 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  24.06 
 
 
278 aa  47  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06790  hypothetical protein  25.87 
 
 
248 aa  47  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.725182  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.71 
 
 
243 aa  46.6  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2454  extracellular solute-binding protein family 3  22.58 
 
 
292 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459609  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
251 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.32 
 
 
244 aa  46.2  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24.44 
 
 
262 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
270 aa  46.2  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.24 
 
 
264 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
265 aa  45.8  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.78 
 
 
1165 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  22.62 
 
 
251 aa  44.3  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0290  ABC transporter, substrate-binding protein  24.03 
 
 
270 aa  44.7  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.84 
 
 
710 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
266 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.55 
 
 
253 aa  44.3  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
258 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
280 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  22.67 
 
 
251 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 
457 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.49 
 
 
243 aa  44.3  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.76 
 
 
264 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.86 
 
 
257 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 
260 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
268 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
266 aa  43.9  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.86 
 
 
257 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
250 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  23.78 
 
 
252 aa  43.1  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.66 
 
 
490 aa  43.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  22.97 
 
 
265 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
275 aa  43.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  21.71 
 
 
253 aa  42.7  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  23.57 
 
 
254 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.21 
 
 
264 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
259 aa  42.7  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23 
 
 
262 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
270 aa  42.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>