More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3428 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  622  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  38.7 
 
 		 304 aa  225  6e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  34.32 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  29.12 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 432 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.09 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.86 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  28.33 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.16 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  28.22 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 309 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.28 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.38 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  26.53 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 310 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 319 aa  105  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>