179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1000 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 326 aa  659    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.99 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.68 
 
 		 328 aa  355  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.09 
 
 		 327 aa  298  6e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  50 
 
 		 329 aa  290  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.69 
 
 		 330 aa  289  6e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  50 
 
 		 329 aa  288  7e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.69 
 
 		 330 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.69 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  47.2 
 
 		 329 aa  286  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.69 
 
 		 329 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.76 
 
 		 329 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  45.31 
 
 		 329 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  44.34 
 
 		 335 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  41.59 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.46 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.91 
 
 		 331 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  23.83 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  26.12 
 
 		 310 aa  92.8  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.36 
 
 		 317 aa  89  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  25.35 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.27 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  25.21 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.48 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  22.34 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.88 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  23.43 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.44 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  23.43 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  24.56 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  23.1 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  22.82 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.89 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  22.64 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  26.02 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  23.44 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  23.08 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  24.92 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  25.94 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  26.02 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  26.02 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  26.2 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  24.41 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  23.71 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  24.58 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  26.15 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.56 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  21.65 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.27 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  22.48 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.2 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.92 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.54 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.52 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.82 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  23.05 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.7 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.33 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  21.81 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.14 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  20.69 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  21.63 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.84 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.95 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.22 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  22.51 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.2 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.63 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  23.73 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  24.04 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  24.04 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  25.79 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.83 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  24.12 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  24.73 
 
 		 326 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  23.26 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  23.5 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.95 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  23.5 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  23.5 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.86 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  25.24 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  26.05 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.61 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  22.22 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.27 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.89 
 
 		 330 aa  59.3  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  21.75 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  24.49 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  21.75 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.64 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  20.27 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  24.86 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06900  cobalamin biosynthesis protein cobD/CbiB  26.82 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.056091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.07 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.76 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.86 
 
 		 322 aa  57  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>