236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06900 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_06900  cobalamin biosynthesis protein cobD/CbiB  100 
 
 		 326 aa  606  9.999999999999999e-173  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.056091 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  60.27 
 
 		 315 aa  276  5e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.89 
 
 		 318 aa  222  6e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  48.96 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.02 
 
 		 369 aa  212  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  47.57 
 
 		 333 aa  207  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.34 
 
 		 316 aa  206  6e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  47.42 
 
 		 313 aa  205  8e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.93 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.87 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  47.35 
 
 		 332 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.39 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  44.52 
 
 		 340 aa  186  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.52 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  41.94 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  45.52 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.3 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  44.41 
 
 		 366 aa  180  4e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.86 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.49 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.43 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.77 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.99 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.48 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  27.03 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  26.17 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.07 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.21 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.15 
 
 		 313 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.56 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  23.3 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  36 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.64 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.74 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  37.67 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.63 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.22 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  39.13 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.76 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.18 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.5 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.38 
 
 		 311 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  41.03 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  41.03 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  38.99 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.38 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  38.65 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  29.28 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.98 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.07 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.29 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  34.25 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  33.82 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.38 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  33.9 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.01 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.57 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  37.44 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  36.57 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.62 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.04 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.28 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  36.45 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  25.2 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.5 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 306 aa  102  9e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  37.56 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  31.6 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  37.56 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  38.42 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  37.56 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  38.42 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3150  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.21 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000125584  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.05 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.87 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.43 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.67 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.41 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  34.95 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  30.93 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  35.27 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.88 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.81 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  34.26 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.32 
 
 		 330 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  39.32 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  32.46 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.76 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  38.1 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.95 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.18 
 
 		 339 aa  95.9  9e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.22 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.93 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  31.84 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  40.13 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>