More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5662 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 544 aa  1105    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  54.53 
 
 		 542 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  54.26 
 
 		 520 aa  558  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  51.58 
 
 		 534 aa  550  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  51.68 
 
 		 532 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  50.1 
 
 		 528 aa  532  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  51.08 
 
 		 524 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  49.14 
 
 		 531 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  47.65 
 
 		 527 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  47.36 
 
 		 534 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.56 
 
 		 534 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.92 
 
 		 539 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.4 
 
 		 529 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  45.24 
 
 		 531 aa  445  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  44.08 
 
 		 531 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  44.28 
 
 		 560 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  42.69 
 
 		 524 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  43.58 
 
 		 532 aa  415  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  41.75 
 
 		 544 aa  398  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  43 
 
 		 544 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  38.63 
 
 		 558 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 529 aa  339  9e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  39.32 
 
 		 529 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  38.32 
 
 		 495 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 		 537 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  38.62 
 
 		 537 aa  336  5.999999999999999e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  38.92 
 
 		 529 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 536 aa  329  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  36.72 
 
 		 536 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 		 528 aa  320  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  37.4 
 
 		 533 aa  315  9e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  34.54 
 
 		 535 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  37.2 
 
 		 533 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  36.88 
 
 		 533 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  37.72 
 
 		 515 aa  306  7e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 		 534 aa  305  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 		 532 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  38 
 
 		 516 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  36.49 
 
 		 534 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 		 539 aa  295  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  35.02 
 
 		 522 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  35.73 
 
 		 530 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 		 527 aa  290  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.51 
 
 		 535 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 517 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 535 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.56 
 
 		 538 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 531 aa  281  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  35.21 
 
 		 516 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 522 aa  278  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  34.62 
 
 		 538 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 538 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 538 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 530 aa  268  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  34.28 
 
 		 534 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.92 
 
 		 540 aa  225  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 538 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.47 
 
 		 538 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 559 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  29.2 
 
 		 546 aa  211  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 539 aa  204  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  30.16 
 
 		 534 aa  203  6e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  30.12 
 
 		 533 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 540 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 565 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 551 aa  195  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.21 
 
 		 556 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.1 
 
 		 519 aa  191  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.43 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 521 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  30.24 
 
 		 521 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.24 
 
 		 521 aa  186  6e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  30.24 
 
 		 521 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  41.86 
 
 		 259 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.63 
 
 		 510 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.65 
 
 		 541 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 555 aa  184  5.0000000000000004e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.11 
 
 		 520 aa  183  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 563 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  32.37 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 521 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 		 595 aa  181  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  30.78 
 
 		 564 aa  180  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  29.73 
 
 		 495 aa  180  7e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 494 aa  179  8e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.66 
 
 		 576 aa  179  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 493 aa  178  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 512 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 512 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 512 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 534 aa  176  9e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.89 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.09 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.09 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.89 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.37 
 
 		 535 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.51 
 
 		 511 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 524 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.53 
 
 		 511 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>