More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5457 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5457  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 281 aa  577  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00912634  normal  0.471467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  36.63 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  33.98 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  31.3 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  33.47 
 
 		 313 aa  105  8e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  27.35 
 
 		 273 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  32.37 
 
 		 273 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0087  extracellular solute-binding protein family 3  34.47 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  30.43 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27190  amino acid-binding protein  30.57 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  32.34 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3769  extracellular solute-binding protein family 3  28.62 
 
 		 323 aa  95.5  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  29.69 
 
 		 320 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.65 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3708  extracellular solute-binding protein family 3  31.98 
 
 		 354 aa  92.4  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  29.75 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  30.17 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  31.37 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  31.52 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5128  extracellular solute-binding protein family 3  31.89 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 274 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0041  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.347701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  28.83 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  28.67 
 
 		 296 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0926  extracellular solute-binding protein family 3  29.35 
 
 		 341 aa  88.2  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00101537  normal  0.0381381 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5223  extracellular solute-binding protein family 3  27.47 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.170331 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  30.99 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  30.99 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5376  extracellular solute-binding protein family 3  31.56 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.64943  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  27.03 
 
 		 604 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  27.03 
 
 		 604 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  27.03 
 
 		 604 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 276 aa  85.9  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  30.7 
 
 		 586 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  26.41 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7606  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.63 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  29.44 
 
 		 583 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  32.43 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1986  extracellular solute-binding protein family 3  28.94 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 258 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.01 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.84 
 
 		 258 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 		 257 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4349  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.17246  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5566  extracellular solute-binding protein family 3  32.49 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.306318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1478  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.02 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0533166  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4136  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.13 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.502518  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02250  amino acid-binding protein  26.74 
 
 		 348 aa  79  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.856046  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2889  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00285086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3684  extracellular solute-binding protein family 3  29.54 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.78 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3008  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  30.26 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.22 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5447  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4897  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.569673 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  28.5 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5206  ABC transporter substrate binding protein  29.17 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  27.42 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  29.95 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2931  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.681734  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2412  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.455037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1210  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  28.32 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34650  amino acid-binding protein  31.56 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.35 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.48 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.13 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>