More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1478 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1478  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
284 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0533166  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  29.8 
 
 
307 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  29.75 
 
 
337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  28.87 
 
 
313 aa  105  7e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  26.97 
 
 
317 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  28.45 
 
 
313 aa  102  5e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
302 aa  99.8  5e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 
320 aa  99  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  30.12 
 
 
298 aa  98.6  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  28.28 
 
 
302 aa  96.7  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 
274 aa  95.9  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0087  extracellular solute-binding protein family 3  27.08 
 
 
294 aa  95.1  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  26.07 
 
 
247 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 
259 aa  90.5  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  26.11 
 
 
257 aa  90.5  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
260 aa  90.1  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.14 
 
 
259 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.14 
 
 
259 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2697  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.89 
 
 
517 aa  88.6  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  26.64 
 
 
502 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  26.64 
 
 
502 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  26.72 
 
 
301 aa  87.8  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  25.4 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.92 
 
 
513 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6504  ABC transporter substrate-binding protein  25.91 
 
 
296 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.1 
 
 
259 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.1 
 
 
259 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.1 
 
 
259 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.1 
 
 
259 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  26.94 
 
 
265 aa  86.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.1 
 
 
259 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
294 aa  86.7  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  25.97 
 
 
264 aa  86.3  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
261 aa  85.9  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  24.81 
 
 
271 aa  85.9  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.61 
 
 
259 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  28 
 
 
251 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  24.58 
 
 
294 aa  85.9  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
250 aa  85.9  7e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.44 
 
 
285 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.44 
 
 
266 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  85.5  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.9 
 
 
266 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.9 
 
 
266 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.9 
 
 
266 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  25.61 
 
 
247 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.44 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.44 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0723  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
276 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  26.15 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
253 aa  82.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.71 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.17 
 
 
247 aa  81.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002010  amino acid ABC transporter amino acid-binding portion  30.58 
 
 
248 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000538879  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.5 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  27.01 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.82 
 
 
269 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  28.09 
 
 
296 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2089  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  26.39 
 
 
281 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2050  extracellular solute-binding protein family 3  26.03 
 
 
331 aa  80.5  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  28.34 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5457  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
281 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00912634  normal  0.471467 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  28.05 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27190  amino acid-binding protein  25.93 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5603  extracellular solute-binding protein family 3  25.47 
 
 
276 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.9 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.9 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.58 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0008  putative amino acid ABC transporter,substrate-binding protein  28.78 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00216943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.671238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>