More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5603 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5603  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 276 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0723  extracellular solute-binding protein  94.2 
 
 		 276 aa  535  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0920  extracellular solute-binding protein family 3  46.74 
 
 		 281 aa  228  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  29.32 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 286 aa  99.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  28.81 
 
 		 323 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 		 258 aa  96.7  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 222 aa  95.5  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  32.22 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  30 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 250 aa  94  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  29.13 
 
 		 265 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.33 
 
 		 265 aa  89  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 261 aa  88.6  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  26.56 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  29.52 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 284 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.51 
 
 		 264 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.51 
 
 		 264 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 264 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  27.24 
 
 		 312 aa  85.5  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 260 aa  85.5  9e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.66 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  29.79 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.36 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.17 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  27.16 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 276 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 280 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  29.92 
 
 		 302 aa  82  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  26.98 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  26.32 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  27.47 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  26.32 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.32 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.32 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  26.96 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  27.35 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  26.46 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  25.39 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  27.35 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  27.35 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  27.35 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  24 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  27.35 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.76 
 
 		 264 aa  79.3  0.00000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0107  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 		 313 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.1 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  27.9 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.53 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.97 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.72 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  23.97 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  26.79 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1970  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  26.22 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0984  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 310 aa  75.5  0.0000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3312  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.159428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>