More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4568 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4568  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
731 aa  1481    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.730165  normal  0.516333 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.22 
 
 
652 aa  491  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.31 
 
 
664 aa  439  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1040  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.54 
 
 
633 aa  395  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.33 
 
 
614 aa  374  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4506  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.94 
 
 
641 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  38.7 
 
 
635 aa  366  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1604  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.53 
 
 
651 aa  364  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.43289  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4163  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.03 
 
 
643 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737802  normal  0.887363 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.13 
 
 
630 aa  359  9e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  36.87 
 
 
621 aa  358  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.61 
 
 
626 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.46 
 
 
646 aa  358  2.9999999999999997e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  36.87 
 
 
621 aa  357  3.9999999999999996e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1616  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.11 
 
 
638 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688327  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.88 
 
 
617 aa  356  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.9 
 
 
638 aa  353  8e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.71 
 
 
647 aa  353  8.999999999999999e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.75 
 
 
647 aa  352  1e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.44 
 
 
644 aa  352  2e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  37.38 
 
 
614 aa  347  5e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.01 
 
 
650 aa  345  1e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  35.31 
 
 
647 aa  345  2e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2312  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.57 
 
 
657 aa  345  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623811  normal  0.165216 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.33 
 
 
635 aa  344  4e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4459  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.34 
 
 
641 aa  344  4e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.16 
 
 
637 aa  341  2.9999999999999998e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1300  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.64 
 
 
642 aa  340  5e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.39 
 
 
670 aa  340  7e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.75 
 
 
613 aa  340  7e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.61 
 
 
627 aa  339  9e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2037  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.19 
 
 
675 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.71 
 
 
627 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.61 
 
 
612 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  35.93 
 
 
637 aa  336  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  35.54 
 
 
656 aa  336  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5666  putative polysaccharide biosynthesis protein  34.88 
 
 
637 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.811762 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  35.93 
 
 
637 aa  335  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.85 
 
 
612 aa  334  3e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.33 
 
 
625 aa  334  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.24 
 
 
605 aa  333  8e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.24 
 
 
605 aa  333  8e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  36.54 
 
 
615 aa  333  1e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2927  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.63 
 
 
633 aa  332  2e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.914767  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
647 aa  327  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0931663  normal  0.549612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.92 
 
 
627 aa  327  6e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.92 
 
 
627 aa  327  6e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.61 
 
 
630 aa  327  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.92 
 
 
627 aa  327  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.96 
 
 
642 aa  326  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.77 
 
 
628 aa  325  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.96 
 
 
629 aa  324  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  36.01 
 
 
625 aa  323  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.56 
 
 
643 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  34.95 
 
 
604 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.27 
 
 
651 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  34.59 
 
 
603 aa  319  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.91 
 
 
610 aa  319  1e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.45 
 
 
682 aa  319  1e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.24 
 
 
633 aa  317  4e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.32 
 
 
609 aa  317  5e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.68 
 
 
600 aa  317  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  36.73 
 
 
649 aa  317  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.23 
 
 
607 aa  316  9e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.28 
 
 
652 aa  315  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.95 
 
 
613 aa  315  1.9999999999999998e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.52 
 
 
627 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.97 
 
 
612 aa  314  3.9999999999999997e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  33.51 
 
 
614 aa  313  7.999999999999999e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.84 
 
 
680 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.23 
 
 
619 aa  310  5.9999999999999995e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.31 
 
 
646 aa  310  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0086  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.58 
 
 
645 aa  309  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.17 
 
 
620 aa  309  1.0000000000000001e-82  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1998  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.65 
 
 
657 aa  308  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140025  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.62 
 
 
641 aa  308  3e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.8 
 
 
669 aa  308  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2799  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.02 
 
 
633 aa  307  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.81 
 
 
616 aa  307  6e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  37.12 
 
 
644 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.46 
 
 
629 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.44 
 
 
648 aa  304  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0328  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.05 
 
 
613 aa  305  3.0000000000000004e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0440695  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  32.47 
 
 
613 aa  305  3.0000000000000004e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.98 
 
 
653 aa  303  8.000000000000001e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  34.47 
 
 
684 aa  302  1e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.89 
 
 
647 aa  302  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0455  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.98 
 
 
653 aa  302  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.70203  normal  0.0478579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.09 
 
 
627 aa  300  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.36 
 
 
652 aa  300  9e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0609  polysaccharide biosynthesis protein  37.44 
 
 
642 aa  299  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.17 
 
 
675 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0301  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.31 
 
 
623 aa  299  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.03 
 
 
643 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1642  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.71 
 
 
662 aa  298  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.472586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>