More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3490 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  586  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  73.65 
 
 		 297 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  73.9 
 
 		 302 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  63.95 
 
 		 296 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 300 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 294 aa  291  7e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  291  9e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 300 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 298 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  48.82 
 
 		 297 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 299 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  49.49 
 
 		 304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  48.15 
 
 		 297 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 297 aa  271  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.47 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 		 297 aa  261  8e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 295 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 297 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 296 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  47.28 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 296 aa  255  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 295 aa  254  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  48.3 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 295 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 297 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  48.32 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 324 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  45.92 
 
 		 300 aa  248  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  44.9 
 
 		 300 aa  248  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 		 297 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 310 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  44.41 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.64 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  43.64 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  44.75 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 312 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 297 aa  245  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 297 aa  244  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 329 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 289 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 295 aa  242  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  48.29 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 314 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 300 aa  241  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 295 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  47.95 
 
 		 302 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3302  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.510167  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 301 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>