180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0765 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 390 aa  785    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  57.46 
 
 		 399 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  54.59 
 
 		 393 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  53.61 
 
 		 393 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  46.84 
 
 		 402 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  46.58 
 
 		 402 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  45.79 
 
 		 402 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  48.45 
 
 		 416 aa  354  1e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  41.87 
 
 		 396 aa  316  6e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  40.58 
 
 		 388 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  38.56 
 
 		 388 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  35.41 
 
 		 389 aa  199  9e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  35.67 
 
 		 389 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  35.67 
 
 		 389 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  36.71 
 
 		 386 aa  196  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  33.33 
 
 		 388 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  30.83 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  30.73 
 
 		 388 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  31.36 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  32.21 
 
 		 388 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  30.33 
 
 		 389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  31.17 
 
 		 390 aa  179  7e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  30.47 
 
 		 388 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  28.1 
 
 		 388 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  28.81 
 
 		 373 aa  155  9e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  30.26 
 
 		 398 aa  124  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  25.76 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  28.32 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  27.33 
 
 		 380 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  27.11 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  24.71 
 
 		 396 aa  96.7  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  28.06 
 
 		 386 aa  92.8  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  27.3 
 
 		 371 aa  86.7  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  21.84 
 
 		 418 aa  86.3  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  25 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.05 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  24.01 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  28.24 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  25 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  24.36 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  24.4 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  23.7 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  21.5 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.2 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.61 
 
 		 366 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  24.68 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  25.08 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.15 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  25.99 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  25.56 
 
 		 495 aa  67.4  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  22.57 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  30.18 
 
 		 384 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  20.54 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  23.05 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  25.08 
 
 		 379 aa  64.3  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  23.46 
 
 		 443 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  23.6 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  23.29 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  23.6 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  23.6 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  25.61 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  24.3 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  25 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  29.96 
 
 		 380 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.63 
 
 		 402 aa  59.7  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  23.1 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  23.05 
 
 		 359 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3065  permease YjgP/YjgQ family protein  26.87 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2421 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  24.06 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1232  permease  22.14 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  25.09 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 		 361 aa  56.2  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  22.74 
 
 		 359 aa  56.2  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  23.46 
 
 		 402 aa  56.2  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  23.64 
 
 		 441 aa  55.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  24.51 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  26.74 
 
 		 392 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  21.37 
 
 		 369 aa  56.2  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  25.56 
 
 		 358 aa  56.2  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.52 
 
 		 792 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  21.74 
 
 		 368 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  24.17 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  24.51 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  24.61 
 
 		 400 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  24.51 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  24.35 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  26.94 
 
 		 403 aa  55.1  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2512  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  22.73 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06260  hypothetical protein  24.31 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0371515  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3160  YjgP/YjgQ permease  26.54 
 
 		 356 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  22.61 
 
 		 370 aa  54.3  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  22.26 
 
 		 444 aa  54.7  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3447  YjgP/YjgQ permease  26.54 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02856  conserved hypothetical protein  26.54 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000121999  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02805  hypothetical protein  26.54 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000010354  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3265  YjgP/YjgQ permease  26.54 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.342085  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>