More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1848 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 239 aa  497  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  94.02 
 
 		 229 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.88 
 
 		 229 aa  441  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.51 
 
 		 212 aa  411  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.38 
 
 		 212 aa  359  2e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.07 
 
 		 208 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.07 
 
 		 208 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.07 
 
 		 208 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.58 
 
 		 208 aa  338  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  61 
 
 		 215 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  58.74 
 
 		 208 aa  262  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.93 
 
 		 205 aa  258  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  58.5 
 
 		 203 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  58.5 
 
 		 215 aa  249  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  61.62 
 
 		 222 aa  247  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  59.8 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.72 
 
 		 218 aa  239  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  56.35 
 
 		 204 aa  235  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.23 
 
 		 208 aa  229  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  55.33 
 
 		 204 aa  229  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.57 
 
 		 204 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.68 
 
 		 204 aa  228  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.28 
 
 		 204 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.04 
 
 		 204 aa  218  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.78 
 
 		 219 aa  218  6e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.28 
 
 		 214 aa  218  6e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.37 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.37 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.6 
 
 		 212 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  47.72 
 
 		 205 aa  201  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.74 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.23 
 
 		 205 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.23 
 
 		 205 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 204 aa  175  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.47 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  44.39 
 
 		 204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  45.18 
 
 		 203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  53.45 
 
 		 208 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 203 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  45.41 
 
 		 203 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  43 
 
 		 211 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.96 
 
 		 211 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.71 
 
 		 203 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.85 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 201 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  44.06 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.13 
 
 		 199 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.05 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.29 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.76 
 
 		 159 aa  141  7e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.09 
 
 		 565 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 168 aa  125  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 170 aa  125  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  38.15 
 
 		 1433 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.76 
 
 		 181 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  40.24 
 
 		 1444 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  38.37 
 
 		 1433 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  40.46 
 
 		 1433 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.31 
 
 		 1433 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.31 
 
 		 1433 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.31 
 
 		 1433 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 		 921 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1435 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.24 
 
 		 1397 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  37.79 
 
 		 970 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 180 aa  105  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 453 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.5 
 
 		 1407 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  34.73 
 
 		 1442 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 180 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.72 
 
 		 595 aa  99.8  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.32 
 
 		 1426 aa  98.6  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.42 
 
 		 470 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.13 
 
 		 1367 aa  97.8  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.13 
 
 		 1367 aa  97.8  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  36.63 
 
 		 1402 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 		 205 aa  97.4  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.98 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.95 
 
 		 463 aa  95.9  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.63 
 
 		 383 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.75 
 
 		 584 aa  95.5  6e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  34.5 
 
 		 239 aa  95.5  7e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 		 236 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  41.77 
 
 		 574 aa  94.4  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 		 715 aa  94.4  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  30.22 
 
 		 1437 aa  94.7  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.47 
 
 		 610 aa  94.7  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  34.12 
 
 		 1436 aa  93.6  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 392 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  34.12 
 
 		 1438 aa  93.6  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  34.12 
 
 		 1438 aa  93.6  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  38.51 
 
 		 570 aa  94  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.14 
 
 		 609 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>