244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3335 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3482  nitrite reductase, copper containing  78.92 
 
 		 391 aa  654    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3335  nitrite reductase, copper-containing  100 
 
 		 392 aa  810    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2681  nitrite reductase (NO-forming)  78.88 
 
 		 393 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4623  nitrite reductase, copper-containing  66.77 
 
 		 370 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2243  nitrite reductase, copper-containing  63.39 
 
 		 367 aa  465  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6278  nitrite reductase, copper-containing  58.98 
 
 		 376 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6826  copper-containing nitrite reductase (NO-forming) nirK  62.24 
 
 		 364 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0236  nitrite reductase, copper-containing  59.54 
 
 		 376 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3727  nitrite reductase, copper-containing  64.35 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557608  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0089  nitrite reductase (NO-forming)  61.03 
 
 		 372 aa  421  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0260  copper-containing nitrite reductase  59.54 
 
 		 376 aa  419  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4379  nitrite reductase, copper-containing  63.72 
 
 		 376 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4273  nitrite reductase, copper-containing  62.65 
 
 		 366 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1595  nitrite reductase, copper-containing  60.86 
 
 		 374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  39.61 
 
 		 520 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  39.61 
 
 		 520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  39.61 
 
 		 520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  39.61 
 
 		 520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  39.61 
 
 		 520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  39.61 
 
 		 520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  39.61 
 
 		 516 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  39.94 
 
 		 516 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  38.96 
 
 		 499 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  38.96 
 
 		 499 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  36.52 
 
 		 510 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  34.41 
 
 		 534 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  35.89 
 
 		 481 aa  172  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  38.49 
 
 		 479 aa  169  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1208  nitrite reductase, copper-containing  32.53 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.400053  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1016  nitrite reductase, copper-containing  33.15 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.552057 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1796  nitrite reductase, copper-containing  38.05 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00424702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1009  nitrite reductase, copper-containing  31.68 
 
 		 350 aa  159  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0035  nitrite reductase, copper-containing  32.65 
 
 		 362 aa  158  1e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3087  nitrite reductase, copper-containing  33.24 
 
 		 352 aa  153  5.9999999999999996e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1326  nitrite reductase, copper-containing  33.68 
 
 		 466 aa  147  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.852268  normal  0.995257 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1108  nitrite reductase, copper-containing  35.35 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1998  nitrite reductase (NO-forming)  33.8 
 
 		 451 aa  140  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  31.34 
 
 		 857 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2351  nitrite reductase  27.27 
 
 		 912 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.76545 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1019  nitrite reductase (NO-forming)  30.59 
 
 		 526 aa  103  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4752  Nitrite reductase (NO-forming)  28.92 
 
 		 455 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2794  hypothetical protein  30.47 
 
 		 471 aa  102  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2648  multicopper oxidase  29.55 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0150  Nitrite reductase (NO-forming)  27.74 
 
 		 952 aa  101  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.684511 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  29.27 
 
 		 535 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3281  multicopper oxidase, type 3  30.48 
 
 		 316 aa  100  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.181317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1417  multicopper oxidase type 3  29.05 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  28.92 
 
 		 487 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1793  multicopper oxidase, type 3  33.06 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  26.92 
 
 		 487 aa  97.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  28.57 
 
 		 535 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.02 
 
 		 535 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  27.02 
 
 		 535 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.02 
 
 		 487 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.02 
 
 		 535 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2101  multicopper oxidase, type 3  28.42 
 
 		 911 aa  90.9  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3626  multicopper oxidase, type 3  27.76 
 
 		 856 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1295  nitrite reductase (NO-forming)  25.88 
 
 		 463 aa  89.7  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1259  hypothetical protein  24.56 
 
 		 470 aa  88.6  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1768  Nitrite reductase (NO-forming)  29.02 
 
 		 876 aa  88.2  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0968219  decreased coverage  0.0045264 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  24.01 
 
 		 444 aa  87.4  4e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1667  hypothetical protein  25.78 
 
 		 470 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4252  Nitrite reductase (NO-forming)  25.99 
 
 		 878 aa  83.2  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.622613  normal  0.180427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0503  multicopper oxidase, type 3  27.52 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.16251 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  28.11 
 
 		 486 aa  79.7  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09060  predicted multicopper oxidase  27.73 
 
 		 969 aa  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.65293  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1641  multicopper oxidase type 3  26.6 
 
 		 526 aa  75.1  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0083  twin-arginine translocation pathway signal  28.44 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00000323423  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2381  multicopper oxidase type 3  33.08 
 
 		 576 aa  69.7  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0890594  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6291  multicopper oxidase type 3  25.82 
 
 		 431 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.126651 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0212  copper resistance protein, putative  30.24 
 
 		 554 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.603214  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0255  multicopper oxidase family protein  30.24 
 
 		 554 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000165445 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4385  twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 		 459 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4634  twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 		 462 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294072  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4026  multicopper oxidase type 3  27.66 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0144717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2511  multicopper oxidase, type 3  28.69 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00579899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3912  multicopper oxidase type 3  27.66 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.48249  normal  0.887693 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0117  twin-arginine translocation pathway signal; putative copper resistance protein (copA)  28.48 
 
 		 455 aa  63.5  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  25.6 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1414  multicopper oxidase type 3  29.55 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.611512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1959  multicopper oxidase  24.79 
 
 		 433 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  26 
 
 		 581 aa  63.2  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2651  multicopper oxidase3  34.88 
 
 		 358 aa  62.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1696  multicopper oxidase type 3  25.13 
 
 		 527 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1680  multicopper oxidase type 3  35.24 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2764  multicopper oxidase, type 3  24.73 
 
 		 431 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2574  multicopper oxidase type 3  31.25 
 
 		 355 aa  62  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0714  multicopper oxidase family protein  24.51 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.403072  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0622  multicopper oxidase family protein  24.51 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3353  multicopper oxidase type 3  24.73 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4419  multicopper oxidase  29.37 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.768242  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4602  multicopper oxidase type 3  27.56 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.437612  normal  0.307335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1031  multicopper oxidase type 3  27.78 
 
 		 473 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5190  multicopper oxidase, type 2; multicopper oxidase, type 3  24.73 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3284  multicopper oxidase, type 3  32.56 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1765  multicopper oxidase type 3  29.02 
 
 		 544 aa  60.5  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.685844  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1091  multicopper oxidase type 3  29.03 
 
 		 460 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5029  multicopper oxidase type 3  28.03 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.908517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6070  multicopper oxidase type 3  22.82 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.947276  normal  0.0665889 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1937  multicopper oxidase family protein  26.26 
 
 		 549 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5609500000000003e-44 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>