142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3168 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3168  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0683  hypothetical protein  54.81 
 
 		 236 aa  255  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3918  hypothetical protein  53.56 
 
 		 234 aa  247  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3826  hypothetical protein  51.88 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0600  hypothetical protein  51.05 
 
 		 237 aa  232  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0544  hypothetical protein  50.63 
 
 		 237 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3799  hypothetical protein  50.63 
 
 		 237 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0518  hypothetical protein  50.63 
 
 		 237 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0539  hypothetical protein  50.63 
 
 		 237 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3450  hypothetical protein  51.05 
 
 		 236 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0500  hypothetical protein  51.05 
 
 		 236 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3626  hypothetical protein  51.05 
 
 		 236 aa  228  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0793  hypothetical protein  48.95 
 
 		 238 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4070  hypothetical protein  48.75 
 
 		 237 aa  224  9e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0947  hypothetical protein  47.19 
 
 		 241 aa  207  9e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.328816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2545  hypothetical protein  44.54 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.394305  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0486  hypothetical protein  43.98 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0035  hypothetical protein  42.18 
 
 		 238 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002478  hypothetical protein  41.07 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.655633  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03557  hypothetical protein  41.35 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0558  hypothetical protein  37.4 
 
 		 242 aa  141  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0853  hypothetical protein  37.55 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00190315  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0856  hypothetical protein  37.55 
 
 		 266 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3882  hypothetical protein  37.39 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3685  hypothetical protein  37.5 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3820  hypothetical protein  37.13 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.855963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3926  hypothetical protein  38.43 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3227  hypothetical protein  38.46 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0414083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3406  hypothetical protein  38.46 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0610305  normal  0.0802765 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3335  hypothetical protein  38.1 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.176953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0517  hypothetical protein  35.85 
 
 		 251 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3304  hypothetical protein  38.46 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3301  hypothetical protein  38.46 
 
 		 248 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3238  hypothetical protein  38.01 
 
 		 248 aa  118  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02753  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0771  protein of unknown function DUF541  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4219  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3080  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3249  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0788  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3058  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550977 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3347  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02716  hypothetical protein  38.57 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3310  hypothetical protein  31.44 
 
 		 250 aa  95.9  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.653743 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1693  hypothetical protein  30.24 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1759  protein of unknown function DUF541  25.23 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.339895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2937  protein of unknown function DUF541  34.08 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2778  hypothetical protein  31.18 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0418246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2430  hypothetical protein  30.47 
 
 		 244 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1094  hypothetical protein  30.47 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0373  hypothetical protein  28.51 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0711118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2902  protein of unknown function DUF541  31.77 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2677  protein of unknown function DUF541  27.94 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2073  hypothetical protein  31.22 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.390893  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1293  outer membrane protein  28.88 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.269819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1626  protein of unknown function DUF541  26.24 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000406911  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4501  hypothetical protein  30.46 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2321  hypothetical protein  34.47 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00571862 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2255  hypothetical protein  34.12 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.838126 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0141  protein of unknown function DUF541  29.9 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1035  hypothetical protein  30.8 
 
 		 243 aa  79.3  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.36378  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1059  hypothetical protein  28.78 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3577  hypothetical protein  30.06 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2216  hypothetical protein  33.73 
 
 		 264 aa  75.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402013  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1417  protein of unknown function DUF541  28.57 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01885  outer membrane protein  28.65 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1475  immunoreactive 28 kDa outer membrane protein  27.57 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371426  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1430  immunoreactive 28 kDa outer membrane protein  27.57 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3445  hypothetical protein  33.7 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.321418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0407  hypothetical protein  25.51 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2072  protein of unknown function DUF541  31.68 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000026389  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0217  hypothetical protein  26.4 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330993  hitchhiker  0.00697303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0370  hypothetical protein  27.4 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.628731 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0468  outer membrane protein  25.51 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.36585  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0791  protein of unknown function DUF541  28.95 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00137694  normal  0.424352 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01998  putative periplasmic immunogenic protein  30.77 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0383413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3534  hypothetical protein  31.76 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.453851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1932  hypothetical protein  30.64 
 
 		 281 aa  68.6  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.828306  normal  0.011783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0249  protein of unknown function DUF541  29.25 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57933  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0584  hypothetical protein  30.98 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.443893  hitchhiker  0.00000587785 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0885  protein of unknown function DUF541  26.09 
 
 		 249 aa  65.1  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2980  hypothetical conserved membrane protein  28.65 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0512  hypothetical protein  28.43 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.889697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0288  protein of unknown function DUF541  24.81 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1305  hypothetical protein  29.93 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.706284  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0357  hypothetical protein  27.65 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1869  hypothetical protein  31.01 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1360  hypothetical protein  27.44 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.412374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0357  protein of unknown function DUF541  27.35 
 
 		 240 aa  62  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00987927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1491  hypothetical protein  25.2 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4746  hypothetical protein  31.08 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1996  protein of unknown function DUF541  25.64 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00652878  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2122  hypothetical protein  26.21 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.213282  normal  0.537025 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0965  26 kDa periplasmic immunogenic protein  27.78 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.152524  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1457  protein of unknown function DUF541  28.14 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.660121  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4941  hypothetical protein  31.58 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.80121  hitchhiker  0.0000379681 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1791  hypothetical protein  29.77 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2145  hypothetical protein  33.13 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00597669  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3679  protein of unknown function DUF541  25.43 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0313  hypothetical protein  27.78 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  0.397901 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>