More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2725 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 363 aa  742    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  79.61 
 
 		 363 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  80.72 
 
 		 374 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  78.24 
 
 		 363 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  43.61 
 
 		 363 aa  315  9.999999999999999e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  44.32 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2307  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.945779  hitchhiker  0.00150581 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  40.33 
 
 		 380 aa  280  4e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  42.63 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  252  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  252  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  42.63 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  42.63 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  37.58 
 
 		 369 aa  220  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  38.59 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  38.26 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  37.42 
 
 		 318 aa  212  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  36.12 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  37.15 
 
 		 377 aa  203  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0317  kinase, PfkB family  32.86 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.196123 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  32.09 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  30.51 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  30.51 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  32.53 
 
 		 312 aa  163  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3222  ribokinase-like domain-containing protein  30.14 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  0.0230782 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3923  ribokinase-like domain-containing protein  29.45 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  33.44 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  28.66 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  29.47 
 
 		 314 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1264  hypothetical protein  26.98 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  28.99 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  29.15 
 
 		 315 aa  95.9  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  29.87 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  29.53 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  29.19 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  29.19 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  29.19 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  29.19 
 
 		 315 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  29.19 
 
 		 315 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2496  kinase, pfkB family  28.19 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  29.19 
 
 		 315 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1434  ribokinase-like domain-containing protein  34.83 
 
 		 295 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00349214 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  28.39 
 
 		 312 aa  89.7  7e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  25.44 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7448  cyclic nucleotide-binding protein  27.18 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  26.99 
 
 		 299 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  26.32 
 
 		 315 aa  86.7  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17480  sugar kinase, ribokinase  25.27 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.402042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  26.92 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1547  putative carbohydrate kinase  31.87 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.23954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  26.9 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  26.96 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  26.26 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  26.39 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  25.96 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  26.56 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  26.56 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  26.56 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  26.56 
 
 		 404 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  26.56 
 
 		 404 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1338  PfkB  30.04 
 
 		 302 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  26.06 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  25.82 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  26.58 
 
 		 404 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  23.51 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  27.72 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0447  ribokinase-like domain-containing protein  29.55 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  25.93 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1509  ribokinase-like domain-containing protein  34.47 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0113854 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.95 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  24.74 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  27.91 
 
 		 403 aa  79.3  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  28.03 
 
 		 424 aa  79  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  25.09 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  25.09 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  24.38 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  24.82 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0025  ribokinase-like domain-containing protein  27.63 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.112625  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  26.98 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6216  carbohydrate kinase PfkB family  32.34 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1140  ribokinase-like domain-containing protein  23.19 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  27.46 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  27.59 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  24.32 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  25.44 
 
 		 305 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  23.55 
 
 		 306 aa  75.9  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  27.04 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  27.08 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2594  PfkB  29.6 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.2534  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  28.81 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>