252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2559 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  100 
 
 		 321 aa  626  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  60.06 
 
 		 314 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  59.74 
 
 		 314 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  45.95 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  27.92 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  27.92 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  29.57 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  24.67 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  30.62 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  29.66 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  30.18 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3222  ribokinase-like domain-containing protein  28.99 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  0.0230782 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  34.37 
 
 		 377 aa  100  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  27.03 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  26.84 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3923  ribokinase-like domain-containing protein  27.87 
 
 		 314 aa  97.4  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  26.52 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  26.52 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  26.52 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  26.52 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  26.52 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  26.52 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  29.69 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  26.73 
 
 		 360 aa  92  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  29.55 
 
 		 363 aa  86.7  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  27.59 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  21.43 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  32.26 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1509  ribokinase-like domain-containing protein  34.52 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0113854 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  22.37 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  25.08 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  27.27 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0317  kinase, PfkB family  25.46 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.196123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  27.27 
 
 		 362 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6216  carbohydrate kinase PfkB family  33.58 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  24.76 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2307  hypothetical protein  27.27 
 
 		 362 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.945779  hitchhiker  0.00150581 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  26.94 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  25.16 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1434  ribokinase-like domain-containing protein  34.21 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00349214 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  23 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1812  ribokinase-like domain-containing protein  34.72 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916129  decreased coverage  0.00793411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  28.87 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2307  PfkB  31.1 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.013346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  26.64 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0491  PfkB  28.72 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  26.46 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  26.42 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17480  sugar kinase, ribokinase  26.35 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.402042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1421  PfkB  30.83 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0830137 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  27.63 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1547  putative carbohydrate kinase  28.78 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.23954 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39540  sugar kinase, ribokinase  29.35 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  26.86 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0983  PfkB domain protein  31.78 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.143465  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  27.51 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  28.94 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  26.85 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  28.77 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  28.46 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  28.57 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  22.65 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1338  PfkB  29.28 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0349  putative ribokinase  27.9 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  28.2 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1721  6-phosphofructokinase 2  28.46 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.132739  normal  0.591583 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0545  ribokinase-like domain-containing protein  28.42 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.747031  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  27.44 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  28.96 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  24.01 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  27.07 
 
 		 302 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  30.96 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  26.99 
 
 		 315 aa  53.9  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  26.94 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0417  ribokinase-like domain-containing protein  27.54 
 
 		 309 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.994196  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  26.94 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3006  ribokinase-like domain-containing protein  37.14 
 
 		 325 aa  53.9  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  26.94 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3090  PfkB  32 
 
 		 309 aa  53.9  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133749  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2969  ribokinase-like domain-containing protein  30.49 
 
 		 302 aa  53.1  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  28.37 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  27.16 
 
 		 311 aa  52.8  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  27.72 
 
 		 309 aa  52.8  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  25 
 
 		 424 aa  52.8  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  28.3 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1357  PfkB domain protein  29.71 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000368195  normal  0.047324 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  26.2 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  27.95 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1455  6-phosphofructokinase 2  25.38 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.620186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  26.57 
 
 		 311 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0949  PfkB  31.58 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2296  PfkB domain-containing protein  31.32 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1440  6-phosphofructokinase 2  25.38 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  23.34 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_004310  BR0169  carbohydrate kinase  28.7 
 
 		 330 aa  50.8  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>