More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0139 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
360 aa  739    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  44.32 
 
 
363 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  41.57 
 
 
363 aa  290  3e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  42.06 
 
 
374 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  42.11 
 
 
363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  41.55 
 
 
363 aa  272  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  38.9 
 
 
380 aa  260  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  37.17 
 
 
362 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  36.87 
 
 
362 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  36.87 
 
 
362 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  36.87 
 
 
362 aa  227  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  36.87 
 
 
362 aa  227  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  36.87 
 
 
362 aa  227  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2307  hypothetical protein  36.87 
 
 
362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.945779  hitchhiker  0.00150581 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  36.58 
 
 
362 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  39.34 
 
 
313 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  39.34 
 
 
313 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  39.34 
 
 
313 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  38 
 
 
318 aa  208  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0317  kinase, PfkB family  30.48 
 
 
382 aa  201  9.999999999999999e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.196123 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  37.55 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  35.69 
 
 
377 aa  196  6e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  34.75 
 
 
321 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  34.24 
 
 
369 aa  191  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  34.75 
 
 
321 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  30.25 
 
 
372 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  30.25 
 
 
372 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  32.09 
 
 
312 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3923  ribokinase-like domain-containing protein  29.25 
 
 
314 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3222  ribokinase-like domain-containing protein  28.47 
 
 
314 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  0.0230782 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  29.28 
 
 
315 aa  129  6e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  28.67 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  29.83 
 
 
314 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  27.87 
 
 
307 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  32.17 
 
 
313 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1264  hypothetical protein  27.03 
 
 
321 aa  99.4  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  29.53 
 
 
314 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7448  cyclic nucleotide-binding protein  26.48 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  26.82 
 
 
321 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  25.94 
 
 
309 aa  84.7  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  26.99 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  24.91 
 
 
302 aa  82.8  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  25.09 
 
 
302 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  28.34 
 
 
312 aa  82.4  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  27.23 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17480  sugar kinase, ribokinase  25.75 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.402042  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  25.08 
 
 
403 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  28 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  25 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  27.74 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  27.74 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  25.78 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  26.32 
 
 
311 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  26.37 
 
 
303 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  26.1 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2307  PfkB  30.74 
 
 
296 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.013346  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.74 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  24.83 
 
 
302 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  25.73 
 
 
315 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  26.3 
 
 
305 aa  77  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  27.85 
 
 
404 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  27.85 
 
 
404 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  27.85 
 
 
404 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  27.85 
 
 
404 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  24.74 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  27.01 
 
 
308 aa  75.9  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  27.12 
 
 
305 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  27.97 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  27.52 
 
 
404 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  26.18 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  26.3 
 
 
306 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  25.28 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  26.17 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  26.17 
 
 
404 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  25.95 
 
 
424 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  23.62 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  37.07 
 
 
403 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  24.75 
 
 
316 aa  72.4  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0977  rfaE bifunctional protein  27.68 
 
 
491 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.673114  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  23.62 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  25.87 
 
 
309 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  23.62 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1394  ribokinase-like domain-containing protein  36.97 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224009  normal  0.554881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  23.62 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  23.62 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  23.37 
 
 
306 aa  71.6  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  26.17 
 
 
307 aa  70.9  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  25.8 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  26.79 
 
 
308 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  25.55 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3634  ribokinase-like domain-containing protein  25.97 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.428669  normal  0.334596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  26.6 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  26.67 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  24.44 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  33.59 
 
 
318 aa  69.3  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>