More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3225 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  100 
 
 
311 aa  617  1e-176  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  44.52 
 
 
308 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  44.19 
 
 
308 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  46.62 
 
 
309 aa  251  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  42.67 
 
 
306 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  41.25 
 
 
302 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  43.32 
 
 
308 aa  240  2e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  41.25 
 
 
315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  43.75 
 
 
304 aa  235  8e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.73 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  40.47 
 
 
308 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  40.47 
 
 
308 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  42.67 
 
 
301 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  39.87 
 
 
310 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  39.4 
 
 
302 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  39.07 
 
 
302 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  42.62 
 
 
307 aa  229  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  42.81 
 
 
305 aa  229  5e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  45 
 
 
299 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  43.33 
 
 
309 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  41.78 
 
 
306 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  42.86 
 
 
309 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  42.53 
 
 
321 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  40.79 
 
 
302 aa  224  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  39.2 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  44.67 
 
 
290 aa  224  2e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  42.21 
 
 
321 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.21 
 
 
312 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  42.3 
 
 
305 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  40.13 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  40.13 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  42.62 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  42.62 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  42.62 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  40.13 
 
 
311 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  41.04 
 
 
308 aa  218  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.46 
 
 
345 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  42.16 
 
 
306 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  45.07 
 
 
310 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  45.07 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  37.62 
 
 
316 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  40.69 
 
 
317 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  42.02 
 
 
306 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  39.52 
 
 
295 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  40 
 
 
306 aa  210  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  40.85 
 
 
305 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  43.71 
 
 
295 aa  209  6e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  39.74 
 
 
314 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  41.25 
 
 
308 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  38.56 
 
 
315 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  44.67 
 
 
299 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  41.04 
 
 
308 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  39.27 
 
 
306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  39.27 
 
 
306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  39.27 
 
 
306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  40.33 
 
 
305 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  39.27 
 
 
306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  39.27 
 
 
306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  41.31 
 
 
318 aa  205  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  39.93 
 
 
302 aa  205  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  37.58 
 
 
309 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  41.72 
 
 
308 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  39.16 
 
 
308 aa  203  2e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  38.19 
 
 
320 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  38.19 
 
 
320 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  42.14 
 
 
309 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  38.82 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  40.97 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  37.95 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  40.68 
 
 
297 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  38.69 
 
 
304 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  38.69 
 
 
304 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  39.73 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  39.41 
 
 
309 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  40.32 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  39.74 
 
 
309 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  40.26 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  39.41 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  39.41 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  39.41 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  40.73 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  39.29 
 
 
344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  39.02 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  40.13 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  41.25 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  38.89 
 
 
303 aa  196  3e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  40.91 
 
 
303 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  39.29 
 
 
310 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  39.29 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  39.93 
 
 
309 aa  195  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  38.51 
 
 
328 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  39.93 
 
 
309 aa  195  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  39.93 
 
 
314 aa  195  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  39.93 
 
 
309 aa  195  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  38.31 
 
 
307 aa  195  1e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  39.6 
 
 
309 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  39.02 
 
 
307 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  39.6 
 
 
309 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  39.93 
 
 
309 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  39.93 
 
 
305 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>