More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3488 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  100 
 
 		 302 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  94.7 
 
 		 302 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  93.38 
 
 		 302 aa  563  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  84.44 
 
 		 302 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  64 
 
 		 308 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  65.33 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  67.33 
 
 		 305 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  64.33 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  65.67 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  58.86 
 
 		 309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  58.72 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  59.06 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  55.7 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  56.71 
 
 		 312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  58.05 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  58.05 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  58.05 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  59.86 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  60.27 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  57.38 
 
 		 309 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  60.74 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  52.68 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  60.4 
 
 		 324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  54.03 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  53.36 
 
 		 321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  52.53 
 
 		 309 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  60.21 
 
 		 297 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  52.53 
 
 		 309 aa  262  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  53.12 
 
 		 295 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  53.2 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  52.03 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  53.38 
 
 		 304 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  47.81 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  44.59 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  47.02 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  51.51 
 
 		 308 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  51.51 
 
 		 308 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  51.51 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  41.55 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  47.44 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  44.33 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.07 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  45.51 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  41.24 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.13 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  40.24 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  48 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  43.73 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  40.13 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  45.02 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.73 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  38 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  44.83 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  42 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  44.78 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  41.56 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  38.74 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  39.86 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  39.87 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  41.2 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  42.62 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  42.67 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  43.48 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  36.67 
 
 		 340 aa  204  1e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  37.25 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.86 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  43 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  43.09 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.28 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  41.85 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  41.53 
 
 		 303 aa  201  9e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  41.53 
 
 		 303 aa  201  9e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  42.33 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  41.67 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  43.1 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  40.13 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  40 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  43.14 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  39.33 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  44.57 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  37.84 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  44.57 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  42.95 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  40.74 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  42.76 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  46.8 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  41.58 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  39.27 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  42.95 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  41.58 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  41.58 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  38.82 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>