More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2371 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  100 
 
 		 306 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  93.14 
 
 		 306 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  68.33 
 
 		 302 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  68.09 
 
 		 305 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  65.89 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  65.89 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  66.33 
 
 		 302 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  64.33 
 
 		 302 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  65.67 
 
 		 302 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  63.09 
 
 		 308 aa  352  4e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  62.75 
 
 		 308 aa  351  8e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  62.67 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  63.67 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  63.67 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  63.33 
 
 		 311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  63.95 
 
 		 310 aa  316  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  56 
 
 		 310 aa  315  4e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  56 
 
 		 312 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  55.7 
 
 		 315 aa  308  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  62.67 
 
 		 309 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  62.76 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  56.86 
 
 		 309 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  56.86 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  63.21 
 
 		 324 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  62.88 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  57.38 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  56.38 
 
 		 321 aa  286  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  62.76 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  54.48 
 
 		 295 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  55.67 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  53.97 
 
 		 308 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  53.97 
 
 		 308 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  44.48 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  53.82 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  47 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  42.95 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  43.85 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  45.33 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  52 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  51.51 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  47.52 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  41.12 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  42.67 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.79 
 
 		 310 aa  235  9e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  43.31 
 
 		 317 aa  234  9e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  40.86 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  43 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  45.45 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  44.44 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  45.57 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  45.97 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  41.28 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  44.78 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  45.3 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  41 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  44.63 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  44.67 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  45.08 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  44.77 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  46.67 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  38.8 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  43.38 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  45.27 
 
 		 314 aa  219  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  45.27 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  44.78 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  45.27 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  45.27 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  38.28 
 
 		 306 aa  218  8.999999999999998e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  45.16 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44.97 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  44.78 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  44.33 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  38.61 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  38.54 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.53 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  43.56 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  41.14 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.85 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.85 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  43.96 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  43.96 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  43.96 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  43.96 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  43.96 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  41.67 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  42 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  41.39 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  39.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  39.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  42 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  39.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  39.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  39.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>