More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1048 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  68.79 
 
 		 302 aa  431  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  68.11 
 
 		 302 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  67.11 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  64.12 
 
 		 303 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  64.12 
 
 		 303 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  62.13 
 
 		 303 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  63.46 
 
 		 303 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  63.46 
 
 		 303 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  63.12 
 
 		 303 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  63.12 
 
 		 303 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  62.79 
 
 		 303 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  62.46 
 
 		 303 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  50.49 
 
 		 317 aa  278  8e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  51.17 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  51.17 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  51.17 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  50 
 
 		 308 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  47.84 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  51.17 
 
 		 318 aa  262  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  47.51 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  47.84 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  48.17 
 
 		 305 aa  255  7e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  50.17 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  47.18 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  50.17 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  48.83 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  49.66 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  47.84 
 
 		 306 aa  246  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  47.32 
 
 		 309 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  47.32 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  47.32 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  47.32 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  47.65 
 
 		 309 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  47.65 
 
 		 314 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  47.65 
 
 		 309 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  47.65 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  44.19 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  43.14 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  38.33 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  44.37 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.14 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  42.19 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.79 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.79 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  38.36 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  41.2 
 
 		 302 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  37.75 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  41.2 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  41.22 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  38.41 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  44.85 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  38.03 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  41.52 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  37.95 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  40.2 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  37.54 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  40.2 
 
 		 310 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  41.14 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  40.33 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  42.14 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  40.53 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  40.53 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  37.87 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  41.14 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  35.88 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  41.61 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  43.62 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  39.53 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  40.13 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  38.83 
 
 		 403 aa  188  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  37.97 
 
 		 398 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  33.04 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  39.87 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  39.34 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  36.7 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  39.87 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  38.41 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  39.1 
 
 		 424 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  36.75 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  40.2 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  39.53 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  38.26 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  39.67 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  36.91 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  38.13 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  39.34 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  39.34 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  36.58 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  35.1 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  38.98 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  38.33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  34.09 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  37.5 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>