More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3738 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  87.3 
 
 		 315 aa  541  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  70.68 
 
 		 314 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  64.9 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  60.13 
 
 		 310 aa  338  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  58.14 
 
 		 320 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  57.81 
 
 		 320 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  57.1 
 
 		 310 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  57.1 
 
 		 344 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  57.86 
 
 		 310 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  58.94 
 
 		 308 aa  330  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  53.85 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  53.85 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  53.85 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  53.85 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  53.85 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  57.81 
 
 		 328 aa  329  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  51.16 
 
 		 306 aa  329  3e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4487  carbohydrate kinase, PfkB  55.45 
 
 		 308 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  45.97 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  44.48 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  44.78 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  43.79 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  44.14 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.79 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  42.66 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  42.62 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  43.29 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  42.3 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  42.62 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  44.33 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  41.86 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.93 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  39.93 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  42.33 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  41.39 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  42.47 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  36.75 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  36.58 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  41.69 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  40.2 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  41.95 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  38.89 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  41.36 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  38.75 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  38.61 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  43.85 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  42.18 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.88 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  35.02 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  38.89 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  40.33 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  40.53 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  42.33 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  41.24 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  37.62 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  37.07 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  37.07 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  36.73 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  41.72 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10546  predicted protein  41.14 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  41 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  38.74 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  38.74 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  38.74 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  41.28 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  38.74 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  38.74 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  38.74 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  42 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  35.03 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  42.71 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  42 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  36.86 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  38.74 
 
 		 314 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  37.7 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  38.41 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  41.78 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  38.61 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  37.95 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  37.95 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  38.41 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  37.95 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  37.95 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0083  ribokinase-like domain-containing protein  42.48 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.51 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  38.03 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  42.37 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  42.37 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0949  PfkB  43.14 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  37.95 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  42.86 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  36.6 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  36.27 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  38.87 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  37.86 
 
 		 318 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>