More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1343 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  100 
 
 		 309 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  98.38 
 
 		 309 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  86.23 
 
 		 308 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  86.84 
 
 		 308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  86.51 
 
 		 308 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  86.84 
 
 		 308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  61.99 
 
 		 295 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  55.18 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  56.62 
 
 		 308 aa  279  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  56.11 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  53.87 
 
 		 302 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  56.86 
 
 		 306 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  52.53 
 
 		 302 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  54.03 
 
 		 305 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  55.03 
 
 		 309 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  52.53 
 
 		 302 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  56.38 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  51.52 
 
 		 302 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  53.02 
 
 		 308 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  56.04 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  56.04 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  53.02 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  51.17 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  46.36 
 
 		 307 aa  251  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  51.19 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  47.49 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  50 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  48.32 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  50.65 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  47.99 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  48.48 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  48.48 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  48.48 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  48.48 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  48.48 
 
 		 309 aa  239  5e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  48.15 
 
 		 314 aa  238  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  48.15 
 
 		 309 aa  237  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  48.15 
 
 		 309 aa  237  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  46.33 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  47.49 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  48.15 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  49.32 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  46.89 
 
 		 317 aa  234  9e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  41.89 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  48.49 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  46.31 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  46.31 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  47.87 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  46.31 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  42.14 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  46.03 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  46.69 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  47.19 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  46.98 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  43.33 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  53.77 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  47.35 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  52.68 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  51.01 
 
 		 321 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  43.43 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  45.82 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  45.63 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  49.66 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  43.05 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  50 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  49.15 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.67 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  43.05 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  43.05 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  40.33 
 
 		 307 aa  216  5e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  44.82 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  47.52 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  42.38 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  42.05 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  45.39 
 
 		 315 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  52.76 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  40.33 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  48.14 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  41.69 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  52.84 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.58 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  39.39 
 
 		 340 aa  209  3e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  52.84 
 
 		 324 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.86 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.86 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  38.32 
 
 		 345 aa  209  6e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  45.67 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.07 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  40.27 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  45.36 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>