More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0404 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  100 
 
 		 307 aa  626  1e-178  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  60.91 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  56 
 
 		 340 aa  346  2e-94  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  51.46 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  49.33 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  48.48 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  48.48 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  44.93 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  44.93 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  46.69 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  43.37 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  44.26 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  42.77 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  41.12 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  43.48 
 
 		 318 aa  219  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  39.93 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  38.54 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  43.88 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  43.88 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  43.88 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  40.33 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  40.33 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  41.97 
 
 		 306 aa  215  9e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  41.81 
 
 		 309 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  42 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  38.23 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  41.25 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  40.94 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  41.86 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  41.86 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  41.86 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  40.47 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  42.14 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  39.86 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  40.13 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  40.13 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  40.13 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  41.22 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  40.13 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  40.13 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  40.86 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  41.33 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  41.22 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  40.07 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  40.27 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  41.33 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  39.19 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  42.52 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  38.85 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  38.44 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  41.81 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  38.05 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  38 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  38.54 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  40.8 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  37.75 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  38.91 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  37.25 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.05 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.46 
 
 		 312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  43 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  40 
 
 		 403 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  36.93 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  41.22 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.22 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  39.86 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  41.22 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  41.55 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  41.55 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  39.07 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  38.14 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  38.31 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  36.21 
 
 		 290 aa  195  8.000000000000001e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  38.31 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0147  ribokinase family sugar kinase  48.54 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  41.22 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  39.86 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  39.86 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  38.61 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  39.81 
 
 		 403 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  38.59 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  38.51 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  38.64 
 
 		 398 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  37.2 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  40.2 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  38.36 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  40 
 
 		 424 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  37.81 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  40.26 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  38.82 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  38.85 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  40.47 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  39.18 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  39.67 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>