143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1547 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1547  putative carbohydrate kinase  100 
 
 		 321 aa  634    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.23954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1338  PfkB  61.37 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2307  PfkB  60.42 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.013346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1812  ribokinase-like domain-containing protein  49.15 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916129  decreased coverage  0.00793411 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1434  ribokinase-like domain-containing protein  51.48 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00349214 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1509  ribokinase-like domain-containing protein  50.56 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0113854 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6216  carbohydrate kinase PfkB family  48.33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  31.93 
 
 		 369 aa  85.9  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  31.08 
 
 		 363 aa  85.9  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  27.12 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  28.26 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  27.72 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  32.13 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  26.3 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  25.56 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  25.19 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  23.83 
 
 		 363 aa  71.6  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  29.11 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  29.64 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3183  PfkB domain protein  25.73 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.208459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  28.21 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4043  ribokinase-like domain-containing protein  23.97 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  27.48 
 
 		 380 aa  66.2  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  28.1 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  27.84 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  27.84 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  27.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  24.64 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0491  PfkB  31.15 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  27.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  27.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  27.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  31.6 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  23.6 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3763  PfkB domain protein  21.33 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00234329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0116  fructokinase  28.21 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.393597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  27.95 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  26.64 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  30.17 
 
 		 305 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2496  kinase, pfkB family  25.25 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  27.96 
 
 		 314 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0205  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  25.08 
 
 		 298 aa  53.1  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0062  ribokinase-like domain-containing protein  26.88 
 
 		 306 aa  53.1  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  28.78 
 
 		 321 aa  52.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  27.12 
 
 		 308 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26450  sugar kinase, ribokinase  26.83 
 
 		 317 aa  52.8  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.184834  normal  0.35054 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0836  PfkB  26.92 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408369  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  27.45 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1266  PfkB domain protein  28.2 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.341209 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  27.68 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1550  carbohydrate kinase, PfkB family  28.2 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  24.92 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3455  ribokinase-like domain-containing protein  26.52 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.84523  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1140  ribokinase-like domain-containing protein  28.24 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  24.92 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  25.48 
 
 		 302 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  25.42 
 
 		 362 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  30.48 
 
 		 307 aa  50.8  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0462  kinase, PfkB family  25.41 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  24.59 
 
 		 315 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  25.4 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  33.03 
 
 		 312 aa  50.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  28.28 
 
 		 306 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2029  PfkB domain-containing protein  23.59 
 
 		 323 aa  50.1  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.159361  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0053  ribokinase-like domain-containing protein  25.09 
 
 		 317 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1715  PfkB domain protein  25.08 
 
 		 334 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.189965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2434  carbohydrate kinase, PfkB  26.76 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0244722 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  24.59 
 
 		 315 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  24.92 
 
 		 315 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  24.92 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  26.05 
 
 		 302 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  24.92 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  29.15 
 
 		 313 aa  49.3  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  23.28 
 
 		 306 aa  49.3  0.00009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6168  PfkB domain protein  27.9 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.369146  hitchhiker  0.00391077 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00870  sugar kinase, ribokinase  27.61 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454231  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01230  fructokinase  33.71 
 
 		 311 aa  48.5  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.826599  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  25.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1627  PfkB domain protein  25.41 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.100578  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  25.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  25.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  25.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  25.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  25.6 
 
 		 310 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  24.75 
 
 		 362 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2701  fructokinase  25.87 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000723148  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  26.56 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1030  PfkB domain protein  28.12 
 
 		 329 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.185699  normal  0.340834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1278  PfkB domain-containing protein  26.5 
 
 		 317 aa  46.6  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.399616 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  27.96 
 
 		 314 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0118  ribokinase  22.84 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2838  fructokinase  34.83 
 
 		 324 aa  46.6  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.050359  normal  0.34699 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4740  ribokinase-like domain-containing protein  27.37 
 
 		 317 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3070  PfkB family of carbohydrate kinase  25.87 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  26.56 
 
 		 309 aa  46.2  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1099  Fructokinase  28.35 
 
 		 303 aa  46.2  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  29.11 
 
 		 295 aa  46.2  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  25.26 
 
 		 372 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0562  PfkB domain protein  23.89 
 
 		 299 aa  46.2  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  25.26 
 
 		 372 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>