More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3718 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  100 
 
 		 318 aa  653    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  50 
 
 		 403 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  49.49 
 
 		 398 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  49.49 
 
 		 403 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  50.51 
 
 		 424 aa  277  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  44.92 
 
 		 404 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  44.92 
 
 		 404 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  45.25 
 
 		 404 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  44.92 
 
 		 404 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  44.92 
 
 		 404 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  44.59 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1479  putative regulatory protein DeoR family  45.66 
 
 		 408 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.255884 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  45.66 
 
 		 408 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1789  putative regulatory protein, DeoR family  45.66 
 
 		 408 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1960  putative regulatory protein  45.66 
 
 		 408 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000520335 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1516  putative regulatory protein  45.42 
 
 		 408 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115936  hitchhiker  0.000000147446 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  43.97 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  41.55 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  43.09 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  41.58 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  43.24 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  43.24 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.75 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  42.42 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  40.66 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  40.66 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  40.66 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  42.21 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  41.97 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  41.91 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  38.99 
 
 		 317 aa  202  8e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  41.75 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  39.73 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  37.29 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  39.39 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  39.39 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  39.39 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  39.39 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  37.29 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  39.39 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  39.39 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  39.39 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  39.39 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  41.33 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  41.33 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  38.36 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  38.36 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  39.61 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  38.36 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  38.36 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  40.38 
 
 		 319 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  38.03 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  40.4 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  37.79 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  41.67 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  35.54 
 
 		 345 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  41.67 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  38.03 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  37.09 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  35.69 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  36.21 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  40.59 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  40.85 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  34.42 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.01 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  41.33 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  41.67 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  38.13 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  38.33 
 
 		 302 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  36.54 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  36.54 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  37.67 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  38.33 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  39.2 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  41.14 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  40.4 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  41.14 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  38.41 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  38.41 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  39.07 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  38.41 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  38.28 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  37.67 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  38.61 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0276  PfkB domain protein  33 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  38.18 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  40.8 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  40.07 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  38.49 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  38.94 
 
 		 302 aa  176  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  32.68 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  41.22 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  38.16 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  38.41 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  38.62 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  39.16 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  36.12 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  35.79 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  36.12 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>