More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3816 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  100 
 
 		 404 aa  827    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  100 
 
 		 404 aa  827    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  80.69 
 
 		 404 aa  674    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  99.5 
 
 		 404 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  100 
 
 		 404 aa  827    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  99.75 
 
 		 404 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  46.72 
 
 		 403 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1789  putative regulatory protein, DeoR family  47.36 
 
 		 408 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  47.36 
 
 		 408 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1516  putative regulatory protein  47.36 
 
 		 408 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115936  hitchhiker  0.000000147446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1960  putative regulatory protein  47.36 
 
 		 408 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000520335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1479  putative regulatory protein DeoR family  47.1 
 
 		 408 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.255884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  40.69 
 
 		 403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  40.46 
 
 		 398 aa  281  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  40.65 
 
 		 424 aa  280  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  44.92 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  37.7 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  38.52 
 
 		 299 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  36.27 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  37.74 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  36.72 
 
 		 307 aa  183  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  37.16 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  35.33 
 
 		 295 aa  176  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  35.13 
 
 		 295 aa  176  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  36.75 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  36.76 
 
 		 309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  34.56 
 
 		 308 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  34.62 
 
 		 310 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  36.77 
 
 		 308 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  36.76 
 
 		 309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  35.37 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  33.89 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  35.54 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  35.54 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  36.4 
 
 		 314 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  35.54 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  36.03 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  37.2 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  36.03 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  36.03 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  36.03 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  36.03 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  36.03 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  35.69 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  35.69 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  35.69 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  35.69 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  35.69 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  39.02 
 
 		 305 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  33.55 
 
 		 297 aa  170  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  36.11 
 
 		 304 aa  170  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  36.11 
 
 		 304 aa  170  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  34.62 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  34.62 
 
 		 320 aa  169  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  34.98 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  35.2 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  36.95 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  36.58 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  36.58 
 
 		 309 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  32.83 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  36.58 
 
 		 309 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  36.58 
 
 		 309 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  35.34 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  36.58 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.27 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  33.45 
 
 		 303 aa  167  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  36.4 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  34.13 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  32.25 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  32.9 
 
 		 308 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  37.28 
 
 		 302 aa  166  8e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  34.53 
 
 		 303 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  35.43 
 
 		 307 aa  166  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  34.53 
 
 		 303 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  34.6 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  34.89 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  34.89 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.98 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  36.73 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  36.9 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  36.9 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  34.62 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  36.16 
 
 		 303 aa  163  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  33.45 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  36.16 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  35.29 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  33.57 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  35.58 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  32.25 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  34.98 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  37.76 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6387  ribokinase  33 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.906333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  35.1 
 
 		 328 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.07 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  31.83 
 
 		 314 aa  159  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  35.43 
 
 		 319 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  32.89 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  34.23 
 
 		 309 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  34.31 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  34.27 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>