114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2802 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  100 
 
 		 332 aa  671    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.55 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.58 
 
 		 327 aa  287  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  46.36 
 
 		 335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.62 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.85 
 
 		 329 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  48.65 
 
 		 329 aa  267  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.95 
 
 		 329 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.35 
 
 		 329 aa  265  7e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  47.75 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.98 
 
 		 330 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.98 
 
 		 330 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.71 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  41.59 
 
 		 326 aa  249  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  41.39 
 
 		 329 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.69 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  26.69 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  25.98 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.67 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  22.56 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  24.74 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  26.48 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  25.74 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.69 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  27.49 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  22.97 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  23.08 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  24.56 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  26.07 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  21.79 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  22.14 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.79 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  22.06 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  25.9 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  25.9 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  22.06 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  25.9 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  25.34 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  24.38 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.73 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  24.49 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  25.26 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  27.12 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  24.83 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.45 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  26.05 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  25.9 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  28.5 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.32 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  26.02 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.25 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  25.9 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.76 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  25.95 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.49 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  26.71 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  22.22 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  23.48 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  22.14 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.46 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.68 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  22.18 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.57 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.37 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.17 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.7 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.83 
 
 		 320 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.81 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  23.81 
 
 		 319 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  24.12 
 
 		 319 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  23.81 
 
 		 319 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.86 
 
 		 319 aa  53.5  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  23.81 
 
 		 319 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.62 
 
 		 313 aa  53.1  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  23.58 
 
 		 319 aa  53.1  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.06 
 
 		 316 aa  53.1  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.86 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  23.77 
 
 		 327 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  24.45 
 
 		 317 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.81 
 
 		 327 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  25.83 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  21.68 
 
 		 331 aa  49.7  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  22.49 
 
 		 315 aa  49.7  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.81 
 
 		 327 aa  49.3  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  25.12 
 
 		 340 aa  49.3  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.72 
 
 		 321 aa  49.3  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  21.68 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  25.69 
 
 		 320 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  23.88 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  22.14 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  23.88 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  23.88 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.97 
 
 		 313 aa  47.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>